Package: e-mem (1.0.1-4)

[ Source: e-mem  ]

calcolo efficiente di Maximal Exact Match per genomi molto grandi

E-MEM permette il calcolo efficiente di Maximal Exact Match (MEM) che non usa indici a tutto testo. L'algoritmo usa molto meno spazio ed è estremamente adatto alla parallelizzazione. Può calcolare tutti i MEM di lunghezza minima 100 tra i genomi completi dell'uomo e del topo su una macchina con 12 core in 10 minuti e 2 GB di memoria; la memoria richiesta può essere appena di 600 MB. Può funzionare in maniera efficiente su genomi di qualunque dimensione. Sono forniti ampi test e confronti con i migliori algoritmi di oggi.

Mummer ha molti script differenti nei quali uno dei programmi chiave è il calcolo dei MEM. In tutti gli script, il programma per il calcolo dei MEM può essere sostituito facilmente con e-mem per migliori prestazioni.

Other Packages Related to e-mem

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• enh: mummer

  Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi

Download e-mem

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	34.1 kB	106.0 kB	[list of files]
arm64	30.9 kB	94.0 kB	[list of files]
armel	33.9 kB	101.0 kB	[list of files]
armhf	33.5 kB	81.0 kB	[list of files]
i386	40.2 kB	117.0 kB	[list of files]
mips64el	33.6 kB	117.0 kB	[list of files]
mipsel	40.9 kB	120.0 kB	[list of files]
ppc64el	34.4 kB	162.0 kB	[list of files]
s390x	31.5 kB	102.0 kB	[list of files]