Package: python3-pairtools (1.0.2-2 and others)

[ Source: pairtools  ]

infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C

Semplice e veloce infrastruttura a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C.

Elabora allineamenti di sequenze a terminali appaiati ed effettua le seguenti operazioni:

 - rileva giunzioni di legatura (alias coppie Hi-C) in sequenze allineate,
   a terminali accoppiati, di molecole di DNA Hi-C;
 - ordina file .pairs per analisi successive;
 - rileva, applica tag e rimuove duplicati di PCR/ottici;
 - genera statistiche esaurienti su insiemi di dati Hi-C;
 - seleziona coppie Hi-C in base a criteri definiti in modo flessibile;
 - ripristina allineamenti .sam da coppie Hi-C.

Other Packages Related to python3-pairtools

• dep: cython3

  estensioni C per Python 3

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.11~)

• dep: python3-bioframe

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  wrapper di optparse per utilità a riga di comando - Python 3.x

• dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0)

  veloce struttura per array per il linguaggio Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-pandas

  strutture dati per dati "relazionali" o "etichettati"

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: python3-yaml

  analizzatore ed emettitore YAML per Python 3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C (esempi)

Download python3-pairtools

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.0.2-2+b1	161.5 kB	685.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.2-2+b1	147.9 kB	702.0 kB	[list of files]
armel	1.0.2-2+b1	144.8 kB	622.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.2-2+b1	144.9 kB	554.0 kB	[list of files]
i386	1.0.2-2+b1	160.8 kB	674.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.2-2+b1	146.4 kB	776.0 kB	[list of files]
mipsel	1.0.2-2+b1	144.8 kB	702.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.2-2+b1	158.4 kB	766.0 kB	[list of files]