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[ Paquet source : t-coffee  ]

Paquet : t-coffee (9.02.r1228-2)

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alignement multiple de séquences

T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures.

T-Coffee permet la combinaison de collections d'alignements multiples de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il permet aussi d'estimer le niveau de cohérence entre le nouvel alignement et les autres. Veuillez vous référer à l'épreuve incluse pour plus d'informations.

T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian. Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible ne n'en utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

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