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Paquet : bowtie-examples (0.12.7-3)

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exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire

Ce paquet aborde le problème de l'interprétation des résultats des dernières technologies (2010) de séquençage de l'ADN. Celles-ci produiront des segments assez courts et qui ne peuvent pas directement être interprétés. C'est le défi d'outils comme Bowtie de donner un emplacement chromosomique aux courts segments de l'ADN séquencé à chaque exécution.

Bowtie aligne des séquences d'ADN (lectures) du génome humain à un débit de 25 millions de lectures de paires de bases 35 par heure. Le paquet Bowtie indexe le génome humain avec un indice de Burrows-Wheeler pour garder une faible empreinte mémoire : généralement environ 2,2 Go pour le génome humain (2,9 Go pour le séquençage à partir des deux extrémités).

Ce paquet fournit des exemples de données à utiliser avec Bowtie.

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