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Paquet : last-align (128-1)

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genome-scale comparison of biological sequences

LAST is software for comparing and aligning sequences, typically DNA or protein sequences. LAST is similar to BLAST, but it copes better with very large amounts of sequence data. Here are two things LAST is good at:

 * Comparing large (e.g. mammalian) genomes.
 * Mapping lots of sequence tags onto a genome.

The main technical innovation is that LAST finds initial matches based on their multiplicity, instead of using a fixed size (e.g. BLAST uses 11-mers). This allows to map tags to genomes without repeat-masking, without becoming overwhelmed by repetitive hits. To find these variable-sized matches, it uses a suffix array (inspired by Vmatch). To achieve high sensitivity, it uses a discontiguous suffix array, analogous to spaced seeds.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: C++, Rôle: Programme

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i386 262,8 ko640,0 ko [liste des fichiers]
ia64 354,4 ko1 016,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-amd64 268,0 ko586,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-i386 261,1 ko564,0 ko [liste des fichiers]
mips 280,0 ko772,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 280,4 ko772,0 ko [liste des fichiers]
powerpc 279,3 ko676,0 ko [liste des fichiers]
s390 266,7 ko648,0 ko [liste des fichiers]
sparc 264,0 ko648,0 ko [liste des fichiers]