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Paquet : gff2aplot (2.0-5)

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Paquets similaires :

tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

gff2aplot est un logiciel pour visualiser ensemble l'alignement de deux séquences de génomes et leurs annotations. À partir de fichiers d'entrée au format GFF, il produit les images PostScript pour cet alignement. Le menu suivant liste les nombreuses fonctionnalités du logiciel gff2aplot :

 - des tracés d'alignements complets pour toute caractéristique du fichier
    GFF. Les attributs sont définis séparément, de sorte que vous pouvez
    les modifier uniquement quels que soient les attributs pour un fichier
    donné ou partager la même personnalisation à travers différents
    ensembles de données ;
 - tous les paramètres sont définis par défaut à l'intérieur du logiciel,
    mais ils peuvent être aussi pleinement configurés par des fichiers de
    personnalisation flexibles de type gff2ps. Le logiciel peut manipuler
    plusieurs de ces fichiers, résumant tous les paramètres avant de
    produire la figure correspondante. De plus, tous les paramètres de
    personnalisation peuvent être définis par des interrupteurs en ligne
    de commande, qui permettent aux utilisateurs de jouer avec ces
    paramètres avant d'en ajouter à un fichier de personnalisation.
    L'ordre de la source est choisi à partir des fichiers d'entrée, si
    vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
    l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition en
    entrée ;
 - l'ordre des fichiers source est choisi à partir des fichiers d'entrée,
    si vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
    l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition ;
 - tous les scores des alignements peuvent être visualisés dans la boîte
    « Picture in Picture » en dessous la zone gff2aplot, utilisant des
    niveaux de gris en couleur, des niveaux de la couleur définie par
    l'utilisateur ou des gradients dépendants du score ;
 - des polices vectorielles, qui peuvent être choisies parmi les polices de
    base par défaut avec PostScript. Les labels de caractéristiques et de
    groupes peuvent être pivotés pour améliorer la lisibilité dans les deux
    axes d'annotation ;
 - le logiciel est toujours défini comme un filtre Unix, ainsi il peut
    manipuler des données des fichiers, redirections et pipes, l'écriture
    produite vers la sortie standard et avertissements vers la sortie
    d'erreur standard ;
 - le logiciel gff2aplot est capable de gérer de nombreux formats de page
    réelle (de A0 à A10, et plus - voir les tailles de page disponibles
    dans son manuel), incluant celles définies par l'utilisateur. Cela
    permet, par exemple, la génération de cartes génomiques de la taille
    d'un poster ou l'utilisation d'un appareil de traçage gérant le papier
    continu, en portrait ou en paysage ;
 - vous pouvez dessiner différents alignements sur le même tracé et les
    distinguer en utilisant différentes couleurs pour chaque alignement ;
 - le dictionnaire de formes a été élargi, de sorte que d'autres
    caractéristiques de formes sont maintenant disponible (voir le
    manuel) ;
 - les projections d'annotation à travers les tracés d'alignements
    (appelés rubans) émulent les transparences par des modèles de
    remplissage de couleurs complémentaires. Cette fonctionnalité permet
    de montrer la pseudo-fusion de couleur lorsque les rubans horizontaux
    et verticaux se chevauchent.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: C, Perl, Interface utilisateur: Ligne de commande, Interpréteur de commandes, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: Conversion de données, Visualisation de données, Fonctionne avec: Image vectorielle, Format pris en charge: Texte simple, PostScript

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