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Paquet : voronota (1.19.2352-1)

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Paquets similaires :

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls. Voronota is especially suitable for processing three-dimensional structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.

Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare contacts and evaluate quality of protein structural models using contacts.

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 1 668,6 ko10 345,0 ko [liste des fichiers]
amd64 1 669,9 ko9 916,0 ko [liste des fichiers]
arm64 1 592,5 ko9 632,0 ko [liste des fichiers]
armel 1 565,5 ko9 575,0 ko [liste des fichiers]
armhf 1 582,9 ko9 043,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 1 658,7 ko9 841,0 ko [liste des fichiers]
hurd-i386 1 741,1 ko10 131,0 ko [liste des fichiers]
i386 1 740,9 ko10 111,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-amd64 1 664,0 ko9 908,0 ko [liste des fichiers]
kfreebsd-i386 1 741,7 ko10 123,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 1 533,1 ko9 750,0 ko [liste des fichiers]
mips 1 607,5 ko10 385,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 1 589,3 ko10 479,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 1 620,4 ko10 394,0 ko [liste des fichiers]
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ppc64 (portage non officiel) 1 679,9 ko10 266,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 1 677,0 ko10 136,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel) 1 648,7 ko9 424,0 ko [liste des fichiers]
s390x 1 588,8 ko9 876,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 1 757,6 ko9 602,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 1 551,6 ko9 741,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 1 653,3 ko9 751,0 ko [liste des fichiers]