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Paquet : voronota (1.18.1877-2)

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Paquets similaires :

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls. Voronota is especially suitable for processing three-dimensional structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.

Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare contacts and evaluate quality of protein structural models using contacts.

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 793,7 ko4 093,0 ko [liste des fichiers]
amd64 808,7 ko3 829,0 ko [liste des fichiers]
arm64 755,5 ko3 597,0 ko [liste des fichiers]
armel 720,8 ko3 540,0 ko [liste des fichiers]
armhf 728,9 ko3 092,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 796,5 ko3 716,0 ko [liste des fichiers]
hurd-i386 851,3 ko3 936,0 ko [liste des fichiers]
i386 850,3 ko3 932,0 ko [liste des fichiers]
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kfreebsd-i386 849,2 ko3 932,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 661,9 ko3 523,0 ko [liste des fichiers]
mips 749,9 ko4 073,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 742,1 ko4 128,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 761,6 ko4 077,0 ko [liste des fichiers]
powerpcspe (portage non officiel) 760,5 ko3 716,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 793,4 ko3 975,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 795,8 ko3 909,0 ko [liste des fichiers]
s390x 738,9 ko3 749,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 888,5 ko3 555,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 712,4 ko3 649,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 804,5 ko3 772,0 ko [liste des fichiers]