Paquet : topp (2.6.0+cleaned1-4 et autres)

[ Paquet source : openms  ]

ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

TOPP (the OpenMS proteomic pipeline) est un pipeline d'analyse de données HPLC/MS. C'est un ensemble de nombreuses petites applications qu'on peut chaîner pour créer des pipelines d'analyse adapés à un problème particulier. Les applications utilisent la bibliothèque libopenms. Certains exemples de ces explications sont :

  - TOPPView : un visionneur de données spectométriques de masse.
  - TOPPAS : un assistant pour concevoir graphiquement des flux TOPP
  - DTAExtractor : extrait des spectres d'un fichier MS run en plusieurs fichiers
    au format DTA.
  - FileConverter :  Conversion entre divers formats de fichiers MS.
  - FileFilter : Extrait ou manipule des morceaux de données issues de fichiers peak,
    feature ou consensus feature.
  - SpectraMerger : Fusionne des spectres issus d'un plan LC/MS, en précurseur
    ou en blocs RT.
  - BaselineFilter : supprime la ligne d'un profil de spectre en utilisant un
    filtre top-hat.
  - InternalCalibration : Utilisé pour une calibration intrne.
  - PTModel : Entraîne un modèle de prédiction des peptides protéotypiques
    à partir d'un plan d'entraînement.
  - RTPredict : Prédit des temps de rétention pour des peptides en utilisant un
    modèle entraîné par RTModel.
  - ExecutePipeline : Exécute des flux de travail créés par TOPPAS.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: Qt

Autres paquets associés à topp

• dep: coinor-libcbc3.1 (>= 2.10.11+ds1) [sparc64]

  solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR – bibliothèques partagées

• dep: coinor-libcgl1 (>= 0.60.8+ds) [sparc64]

  bibliothèque de génération de coupes COIN-OR

• dep: coinor-libclp1 (>= 1.17.9+ds) [sparc64]

  solveur de programmation linéaire COIN-OR – bibliothèques partagées

• dep: coinor-libcoinutils3v5 (>= 2.11.4+repack1) [sparc64]

  COIN-OR collection of utility classes (shared libraries)

• dep: coinor-libosi1v5 (>= 0.108.9+ds) [sparc64]

  interface de solveur ouverte COIN-OR

• dep: libboost-date-time1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  ensemble de bibliothèques de date et d'horaire basées sur les concepts génériques de programmation

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-math1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  bibliothèque Boost.Math

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72 [alpha, m68k, x32]

  paquet virtuel fourni par libboost-regex1.74.0

• dep: libboost-regex1.83.0-icu72 [sparc64]

  paquet virtuel fourni par libboost-regex1.83.0

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2) [sparc64]

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sparc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libglpk40 (>= 4.65) [sparc64]

  linear programming kit with integer (MIP) support

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1t64 [sparc64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-cpp-103-1t64 (>= 1.10.5) [sparc64]

  HDF5 - C++ runtime files - serial version

• dep: libopenms2.6.0 (= 2.6.0+cleaned1-3+b3) [m68k]

  library for LC/MS data management and analysis - runtime

  dep: libopenms2.6.0 (= 2.6.0+cleaned1-3+b5) [alpha]

  dep: libopenms2.6.0 (= 2.6.0+cleaned1-4) [hppa, ia64, x32]

  dep: libopenms2.6.0 (= 2.6.0+cleaned1-4+b2) [non alpha, hppa, ia64, m68k, x32]

• dep: libqt5core5a (>= 5.11.3) [alpha, hppa, ia64, m68k]

  module principal de QT⋅5

  dep: libqt5core5a (>= 5.15.1) [x32]

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.11.3) [arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64]

  module principal de QT⋅5

  dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1) [amd64, i386]

• dep: libqt5gui5 (>= 5.11.3) [alpha, hppa, ia64, m68k, x32]

  module Qt⋅5 d'interface graphique

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.11.3)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.11.3) [non alpha, hppa, ia64, m68k, x32]

  module Qt⋅5 d'interface graphique

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.11.3)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5network5t64 (>= 5.11.3) [sparc64]

  module réseau de Qt⋅5

• dep: libqt5svg5 (>= 5.11.3) [sparc64]

  module SVG de Qt⋅5

• dep: libqt5widgets5 (>= 5.11.3) [alpha, hppa, ia64, m68k, x32]

  module de widgets de Qt⋅5

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.11.3) [non alpha, hppa, ia64, m68k, x32]

  module de widgets de Qt⋅5

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9) [sparc64]

  Bibliothèque partagée SQLite 3

• dep: libssl3t64 (>= 3.0.0) [sparc64]

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• dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k]

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  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non m68k]

• dep: libsvm3 (>= 3.21+ds) [sparc64]

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• dep: libunwind8 [ia64]

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• dep: libwildmagic5 (>= 5.17) [sparc64]

  libraries for mathematics, physics, numerical methods - runtime

• dep: libxerces-c3.2 [alpha, hppa, ia64, m68k, x32]

  validating XML parser library for C++

• dep: libxerces-c3.2t64 [non alpha, hppa, ia64, m68k, x32]

  validating XML parser library for C++

• dep: openms-common (= 2.6.0+cleaned1-3) [alpha, m68k]

  package for LC/MS data management and analysis - shared data

  dep: openms-common (= 2.6.0+cleaned1-4) [non alpha, m68k]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: openms-doc

  package for LC/MS data management and analysis - documentation

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.6.0+cleaned1-3+b5	2 978,8 ko	22 869,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.6.0+cleaned1-4+b2	3 112,9 ko	17 628,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.6.0+cleaned1-4+b2	2 732,6 ko	20 932,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.6.0+cleaned1-4	3 070,1 ko	17 182,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.6.0+cleaned1-4+b2	3 287,9 ko	16 997,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.6.0+cleaned1-4	3 752,2 ko	29 894,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.6.0+cleaned1-3+b3	3 171,2 ko	17 072,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.6.0+cleaned1-4+b2	2 730,4 ko	23 327,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.6.0+cleaned1-4+b2	3 118,1 ko	25 800,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.6.0+cleaned1-4+b2	3 078,7 ko	24 069,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.6.0+cleaned1-4+b2	3 083,5 ko	14 316,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.6.0+cleaned1-4+b2	3 072,6 ko	17 560,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.6.0+cleaned1-4+b2	3 340,0 ko	184 771,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.6.0+cleaned1-4	3 027,2 ko	15 324,0 ko	[liste des fichiers]