Paquet : spaln (3.0.2+dfsg-2 et autres)

[ Paquet source : spaln  ]

alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

Spaln (space-efficient spliced alignment) est un programme autonome qui cartographie et aligne un ensemble de séquences d’ADNc ou de protéines en une séquence générale en une seule passe. Il réalise aussi des alignements épissés ou ordinaires après une recherche rapide de similarité par rapport à une base de données de séquences de protéines si un segment génomique ou une séquence d’acides aminés est fourni en requête.

Spaln gère la combinaison de base de données de séquences de protéines et d’un segment génomique et réalise des recherches rapides de similarité et des alignements (semi)-globaux d’un ensemble de requêtes de séquences de protéines par rapport à une base de données de séquences de protéines. Spaln adopte une heuristique multiphase rendant le travail possible sur un ordinateur personnel conventionnel.

Autres paquets associés à spaln

• dep: libc6 (>= 2.33) [hppa, m68k, sh4, x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [non hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1) [non hppa, m68k, sh4, x32]

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.7.1) [sparc64]

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: spaln-data

  splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger spaln

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.0.2+dfsg-2	527,4 ko	2 362,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.0.2+dfsg-2	550,0 ko	1 901,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.0.2+dfsg-2	492,8 ko	2 230,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.4.7+dfsg-1	330,7 ko	799,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.0.2+dfsg-2	679,9 ko	3 602,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.4.7+dfsg-1	306,2 ko	811,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.0.2+dfsg-2	529,1 ko	2 342,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.0.2+dfsg-2	555,4 ko	2 690,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.0.2+dfsg-2	561,4 ko	2 615,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.0.2+dfsg-2	652,4 ko	3 349,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3.0.2+dfsg-2	567,8 ko	2 024,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.4.7+dfsg-1	373,7 ko	713,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.0.2+dfsg-2	502,1 ko	14 483,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.4.7+dfsg-1	337,2 ko	813,0 ko	[liste des fichiers]