Paquet : sepp (4.5.5+dfsg-1)

[ Paquet source : sepp  ]

phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models

The tool SEPP implementing these methods uses ensembles of Hidden Markov Models (HMMs) in different ways, each focusing on a different problem.

SEPP stands for "SATe-enabled Phylogenetic Placement", and addresses the problem of phylogenetic placement of short reads into reference alignments and trees.

Autres paquets associés à sepp

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• dep: libgoogle-gson-java

  Converts Java objects into their JSON representation

• dep: libjenkins-json-java

  Library for transforming Java objects between XML and JSON

• dep: libjson-java

  library for transforming Java objects and XML to JSON and back again

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: pplacer

  phylogenetic placement and downstream analysis

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	162,1 ko	396,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	162,1 ko	396,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	162,1 ko	396,0 ko	[liste des fichiers]