Paquet : voronota (1.22.3149-2 et autres)

[ Paquet source : voronota  ]

Voronoi diagram-based tool to find atom contacts

The analysis of macromolecular structures often requires a comprehensive definition of atomic neighborhoods. Such a definition can be based on the Voronoi diagram of balls, where each ball represents an atom of some van der Waals radius. Voronota is a software tool for finding all the vertices of the Voronoi diagram of balls. Such vertices correspond to the centers of the empty tangent spheres defined by quadruples of balls. Voronota is especially suitable for processing three-dimensional structures of biological macromolecules such as proteins and RNA.

Since version 1.2 Voronota also uses the Voronoi vertices to construct inter-atom contact surfaces and solvent accessible surfaces. Voronota provides tools to query contacts, generate contacts graphics, compare contacts and evaluate quality of protein structural models using contacts.

Autres paquets associés à voronota

• dep: bsdextrautils

  utilitaires supplémentaires de 4.4BSD-Lite

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [non arm64, armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64el, s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [non riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.22.3149-2	1 971,4 ko	12 093,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.22.3149-2	2 008,7 ko	11 396,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.22.3149-2	1 874,1 ko	11 000,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.22.3149-2	1 821,0 ko	10 873,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.22.3149-2	1 845,7 ko	9 977,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.22.3149-2	1 946,6 ko	11 094,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.22.3149-2	2 104,1 ko	11 667,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.22.3149-2	2 211,0 ko	15 074,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.22.3149-2	1 800,6 ko	11 207,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.22.3149-2	1 881,7 ko	12 471,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.22.3149-2	2 001,4 ko	12 282,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.22.3149-2	2 016,5 ko	11 896,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.22.3149-2+b1	1 986,0 ko	10 509,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.22.3149-2	1 875,4 ko	11 436,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.22.3149-2	2 024,1 ko	10 807,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.22.3149-2	1 790,5 ko	12 033,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.22.3149-2	1 981,4 ko	11 063,0 ko	[liste des fichiers]