Paquet : umis (1.0.9-1 et autres)

[ Paquet source : umis  ]

tools for processing UMI RNA-tag data

Umis provides tools for estimating expression in RNA-Seq data which performs sequencing of end tags of transcript, and incorporate molecular tags to correct for amplification bias.

There are four steps in this process.

 1. Formatting reads
 2. Filtering noisy cellular barcodes
 3. Pseudo-mapping to cDNAs
 4. Counting molecular identifiers

Autres paquets associés à umis

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.12) [non hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (<< 3.8) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [non hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (>= 3.7~) [hppa, ppc64, sparc64]

• dep: python3-click

  Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-regex

  alternative regular expression module (Python 3)

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-toolz

  List processing tools and functional utilities

• sug: umis-examples

  tools for processing UMI RNA-tag data (examples)

Télécharger umis

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.9-1	26,1 ko	157,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.9-1	25,8 ko	116,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.9-1	25,4 ko	156,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.0.9-1	26,3 ko	111,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.0.9-1	24,9 ko	103,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.0.3-1	24,9 ko	112,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.0.9-1	26,4 ko	115,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.9-1	28,3 ko	124,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.9-1	25,5 ko	115,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.9-1	25,7 ko	157,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.3-1	24,7 ko	156,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.9-1	26,4 ko	156,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.9-1+b1	30,6 ko	122,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.9-1	26,4 ko	155,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.3-1	24,0 ko	118,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.9-1	25,8 ko	111,0 ko	[liste des fichiers]