Paquet : sibelia (3.0.7+dfsg-3 et autres)

[ Paquet source : sibelia  ]

comparative genomics tool

Sibelia (Synteny Block ExpLoration tool) is a comparative genomics tool: It assists biologists in analysing the genomic variations that correlate with pathogens, or the genomic changes that help microorganisms adapt in different environments. Sibelia will also be helpful for the evolutionary and genome rearrangement studies for multiple strains of microorganisms.

Sibelia is useful in finding:

 1) shared regions,
 2) regions that present in one group of genomes but not in others,
 3) rearrangements that transform one genome to other genomes.

Autres paquets associés à sibelia

• dep: lagan

  highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.30) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, s390x, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.30) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  fast suffix array construction

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [non riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• sug: sibelia-examples

  comparative genomics tool (example data)

Télécharger sibelia

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	306,8 ko	1 318,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.0.7+dfsg-3	309,7 ko	1 176,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.0.7+dfsg-3	278,3 ko	1 120,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3.0.7+dfsg-3	283,4 ko	1 139,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3.0.7+dfsg-3	289,5 ko	955,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	293,4 ko	1 075,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.0.7+dfsg-3	312,3 ko	1 151,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	356,1 ko	2 562,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	311,7 ko	1 339,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	3.0.7+dfsg-3	278,1 ko	1 250,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	298,9 ko	1 292,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.0.7+dfsg-3	305,1 ko	1 228,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.0.7+dfsg-3+b1	302,4 ko	1 069,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3.0.7+dfsg-3	275,7 ko	1 128,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	339,7 ko	1 092,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	269,2 ko	1 128,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.0.7+dfsg-3	311,1 ko	1 115,0 ko	[liste des fichiers]