Paquet : libvcflib-tools (1.0.9+dfsg1-3 et autres)

[ Paquet source : libvcflib  ]

C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

The Variant Call Format (VCF) is a flat-file, tab-delimited textual format intended to concisely describe reference-indexed variations between individuals. VCF provides a common interchange format for the description of variation in individuals and populations of samples, and has become the defacto standard reporting format for a wide array of genomic variant detectors.

vcflib provides methods to manipulate and interpret sequence variation as it can be described by VCF. It is both:

 * an API for parsing and operating on records of genomic variation as it can
   be described by the VCF format,
 * and a collection of command-line utilities for executing complex
   manipulations on VCF files.

This package contains several tools using the library.

Autres paquets associés à libvcflib-tools

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  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

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  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f) [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, sparc64]

  library for indexing and sequence extraction from FASTA files (lib)

  dep: libfastahack0 (>= 1.0.0+dfsg) [alpha, m68k, ppc64, riscv64, sh4, x32]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [non ia64, m68k, ppc64, sh4, x32]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10) [sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [sparc64]

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• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libssw0 (>= 1.1) [sparc64]

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libstdc++6 (>= 13.2.0-7) [alpha]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0) [non amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libunwind8 [ia64]

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• dep: libvcflib1 (>= 1.0.3+dfsg) [ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32]

  C++ library for parsing and manipulating VCF files

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  C++ library for parsing and manipulating VCF files

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Télécharger libvcflib-tools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.0.9+dfsg1-3	613,1 ko	6 870,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.0.9+dfsg1-3+b1	635,3 ko	3 830,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.0.9+dfsg1-3+b1	564,4 ko	6 594,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.0.3+dfsg-2	853,2 ko	8 189,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.0.3+dfsg-2	711,2 ko	4 531,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.0.9+dfsg1-3+b1	591,2 ko	6 858,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.0.3+dfsg-2	707,1 ko	8 228,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.0.9+dfsg1-3+b1	624,2 ko	6 786,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.0.9+dfsg1-3+b1	619,9 ko	2 974,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.0.3+dfsg-2	808,7 ko	6 691,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.3+dfsg-2	816,8 ko	91 827,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.0.3+dfsg-2	729,6 ko	4 483,0 ko	[liste des fichiers]