Paquet : eigensoft (8.0.0+dfsg-2)

[ Paquet source : eigensoft  ]

reduction of population bias for genetic analyses

The EIGENSOFT package combines functionality from the group's population genetics methods (Patterson et al. 2006) and their EIGENSTRAT stratification method (Price et al. 2006). The EIGENSTRAT method uses principal components analysis to explicitly model ancestry differences between cases and controls along continuous axes of variation; the resulting correction is specific to a candidate marker's variation in frequency across ancestral populations, minimizing spurious associations while maximizing power to detect true associations. The EIGENSOFT package has a built-in plotting script and supports multiple file formats and quantitative phenotypes.

Autres paquets associés à eigensoft

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: liblapacke (>= 3.11.0) [ia64, s390x, sh4]

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée de la bibliothèque⋅C

  dep: liblapacke (>= 3.12.0) [non ia64, s390x, sh4]

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• rec: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

Télécharger eigensoft

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	480,8 ko	4 583,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	504,3 ko	3 869,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	463,9 ko	4 385,0 ko	[liste des fichiers]
armel	404,3 ko	3 564,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	392,1 ko	2 732,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	424,3 ko	3 598,0 ko	[liste des fichiers]
i386	493,9 ko	3 787,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	520,5 ko	7 400,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	411,2 ko	3 262,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	470,9 ko	4 607,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	517,4 ko	5 473,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	531,4 ko	5 409,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	503,1 ko	3 369,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	501,9 ko	4 541,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	438,5 ko	3 822,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	397,2 ko	11 898,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	504,6 ko	3 836,0 ko	[liste des fichiers]