Paquet : clonalframeml (1.13-1)

[ Paquet source : clonalframeml  ]

inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

ClonalFrameML est un paquet logiciel qui réalise une inférence efficace de recombinaison dans les génomes bactériens. ClonalFrameML a été créé par Xavier Didelot et Daniel Wilson. ClonalFrameML peut être appliqué à tout type de données de séquence alignée, mais est particulièrement prévu pour l’analyse de séquences de génomes entiers. Il est capable de comparer des centaines de génomes entiers en quelques heures sur un machine de bureau standard. ClonalFrameML produit trois sorties principales : une phylogénie avec des longueurs de branches corrigées pour tenir compte des recombinaisons, une estimation des paramètres clé du processus de recombinaison et une carte génomique d’où les recombinaisons se sont produites pour chaque branche de la phylogénie.

ClonalFrameML est une implémentation de vraisemblance maximale du logiciel bayésien ClonalFrame précédemment décrit par Didelot et Falush (2007). Le modèle de recombinaison servant de base à ClonalFrameML est exactement le même que pour ClonalFrame, mais cette nouvelle implémentation est beaucoup plus rapide, est capable de gérer des ensembles de données génomiques bien plus grands, et ne souffre pas de problèmes de convergence MCMC.

Autres paquets associés à clonalframeml

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger clonalframeml

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	95,5 ko	344,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	103,9 ko	283,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	88,0 ko	279,0 ko	[liste des fichiers]
armel	90,4 ko	254,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	86,3 ko	182,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	97,9 ko	252,0 ko	[liste des fichiers]
i386	103,4 ko	286,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	126,4 ko	545,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	92,9 ko	262,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	94,0 ko	349,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	100,4 ko	343,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	103,3 ko	343,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	98,2 ko	207,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	103,4 ko	283,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	126,3 ko	278,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	86,3 ko	1 050,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	108,1 ko	286,0 ko	[liste des fichiers]