Paquet : bwa (0.7.17-7 et autres)
Liens pour bwa
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source bwa :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Charles Plessy (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
- Carlos Borroto (Page QA)
- Ognyan Kulev (Page QA)
- Michael R. Crusoe (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [bio-bwa.sourceforge.net]
Paquets similaires :
dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases. BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages (« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.
Autres paquets associés à bwa
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- dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
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- rec: perl
- langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall
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- sug: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
Télécharger bwa
Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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alpha (portage non officiel) | 0.7.17-7+b5 | 206,9 ko | 513,0 ko | [liste des fichiers] |
amd64 | 0.7.17-7+b3 | 207,3 ko | 453,0 ko | [liste des fichiers] |
arm64 | 0.7.17-7+b3 | 189,1 ko | 449,0 ko | [liste des fichiers] |
armel | 0.7.17-7+b3 | 190,8 ko | 432,0 ko | [liste des fichiers] |
armhf | 0.7.17-7+b3 | 190,0 ko | 320,0 ko | [liste des fichiers] |
hppa (portage non officiel) | 0.7.17-7+b3 | 226,4 ko | 513,0 ko | [liste des fichiers] |
i386 | 0.7.17-7+b3 | 230,1 ko | 520,0 ko | [liste des fichiers] |
ia64 (portage non officiel) | 0.7.17-7+b4 | 280,4 ko | 925,0 ko | [liste des fichiers] |
m68k (portage non officiel) | 0.7.17-7+b3 | 204,7 ko | 472,0 ko | [liste des fichiers] |
mips64el | 0.7.17-7+b3 | 201,0 ko | 528,0 ko | [liste des fichiers] |
ppc64 (portage non officiel) | 0.7.17-7+b3 | 218,1 ko | 577,0 ko | [liste des fichiers] |
ppc64el | 0.7.17-7+b3 | 228,6 ko | 577,0 ko | [liste des fichiers] |
riscv64 | 0.7.17-7+b3 | 214,5 ko | 376,0 ko | [liste des fichiers] |
s390x | 0.7.17-7+b3 | 220,3 ko | 509,0 ko | [liste des fichiers] |
sh4 (portage non officiel) | 0.7.17-7+b3 | 273,6 ko | 449,0 ko | [liste des fichiers] |
sparc64 (portage non officiel) | 0.7.17-7+b3 | 182,7 ko | 1 093,0 ko | [liste des fichiers] |
x32 (portage non officiel) | 0.7.17-7+b3 | 218,9 ko | 468,0 ko | [liste des fichiers] |