Paquet : optimir (1.2-1)

[ Paquet source : optimir  ]

Integrating genetic variations in miRNA alignment

OptimiR is a miRSeq data alignment workflow. It integrates genetic information to assess the impact of variants on miRNA expression.

OptimiR: A bioinformatics pipeline designed to detect and quantify miRNAs, isomiRs and polymiRs from miRSeq data, & study the impact of genetic variations on polymiRs' expression.

Autres paquets associés à optimir

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• rec: r-cran-gridextra

  GNU R package with extensions for the grid package

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