Paquet : bio-eagle-examples (2.4.1-3)

[ Paquet source : bio-eagle  ]

exemples pour bio-eagle

Eagle estime la phase haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence. L'idée de base de l'algorithme Eagle1 est d'utiliser l'identité par descendance parmi les parents éloignés – qui est invasive pour de grandes tailles d'échantillons, mais rare parmi de faibles nombres d'échantillons – pour appeler rapidement une phase grâce à une approche de score rapide. Au contraire, l'algorithme Eagle2 analyse un modèle probabiliste complet similaire au modèle diploïde Li-Stephens utilisé par les méthodes antérieures basées sur des modèles de Markov cachés.

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  phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

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