Paquet : med-bio (3.8.1)

[ Paquet source : debian-med  ]

paquets de bio-informatique de Debian Med

Ce métapaquet installera des paquets Debian utiles en biologie moléculaire, biologie structurale et d’autres sciences biologiques.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Rôle: Méta-paquet, Ensemble d'application: Debian

Autres paquets associés à med-bio

• dep: med-config (= 3.8.1)

  paquet de configuration générale de Debian Med

• dep: med-tasks (= 3.8.1)

  Paquets bio-informatiques pour tasksel

• rec: abacas

  fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

• rec: abpoa

  adaptive banded Partial Order Alignment

• rec: abyss

  assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

• rec: acedb-other

  Récupération d'ADN ou de séquences de protéines

• rec: adapterremoval

  découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

• rec: adun-core

  simulateur moléculaire

• rec: aegean

  boîte d’amalgame d’outils d'analyse de génome

• rec: aevol

  modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

• rec: alien-hunter

  Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

• rec: alter-sequence-alignment

  environnement de transformation d'alignements de séquences génomiques

• rec: altree

  programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

• rec: amap-align

  alignement multiple de séquences protéiques par appariement

• rec: ampliconnoise

  suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

• rec: andi

  estimation efficace de distances d'évolution

• rec: any2fasta

  convert various sequence formats to FASTA

• rec: aragorn

  détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

• rec: arden

  contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

• rec: ariba

  identification de résistance antibiotique par assemblage

• rec: art-nextgen-simulation-tools

  outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération

• rec: artemis

  navigateur de génome et outil d'annotation

• rec: artfastqgenerator

  création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence

• rec: assembly-stats

  obtention des statistiques d'assemblage à partir de fichiers FASTA et FASTQ

• rec: assemblytics

  détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome

• rec: atac

  comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

• rec: ataqv

  contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq

• rec: atropos

  Outil de taille de lecture NGS spécifique, sensible et rapide

• rec: augur

  composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel

• rec: augustus

  prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

• rec: autodock

  Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

• rec: autodock-vina

  chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

• rec: autogrid

  Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

• rec: avogadro

  système de modélisation et d'imagerie moléculaire

• rec: axe-demultiplexer

  démultiplexeur de lecture de séquence ADN basé sur les arbres préfixes

• rec: baitfisher

  paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides

• rec: bali-phy

  inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

• rec: ballview

  modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire

• rec: bamclipper

  Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments

• rec: bamkit

  tools for common BAM file manipulations

• rec: bamtools

  boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• rec: bandage

  application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

• rec: barrnap

  prédiction ribosomale rapide d'ARN

• rec: bbmap

  BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

• rec: bcalm

  de Bruijn compaction in low memory

• rec: bcftools

  appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

• rec: beads

  détection par électrophorèse bidimensionnelle de tache d’images de gel

• rec: beagle

  appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés

• rec: beast-mcmc

  inférence phylogénétique bayésienne MCMC

• rec: beast2-mcmc

  inférence phylogénétique bayésienne MCMC

• rec: bedops

  opérations génomiques à haute performance

• rec: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• rec: belvu

  visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique

• rec: berkeley-express

  quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

• rec: bio-eagle

  phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

• rec: bio-rainbow

  partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique

• rec: bio-tradis

  analyse des sorties d'analyses TraDIS de séquences de génomes

• rec: bio-vcf

  domain specific language (DSL) for processing the VCF format

• rec: bioawk

  extension d’awk pour l’analyse de séquences biologiques

• rec: biobambam2

  tools for early stage alignment file processing

• rec: biosyntax

  coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – métapaquet

• rec: bitseq

  inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

• rec: blasr

  correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

• rec: blixem

  navigateur interactif d’alignements de séquences

• rec: bolt-lmm

  test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes

• rec: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: boxshade

  Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

• rec: bppphyview

  afficheur phylogénétique pour Bio++

• rec: bppsuite

  suite de programmes Bio++

• rec: brig

  générateur d'images circulaires BLAST

• rec: btllib-tools

  Bioinformatics Technology Lab common code library tools

• rec: busco

  benchmarking sets of universal single-copy orthologs

• rec: bustools

  manipulation de fichiers BUS pour des ensembles de données de séquençage d’ADN de cellule unique

• rec: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• rec: canu

  assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

• rec: cassiopee

  outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

• rec: cat-bat

  taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)

• rec: cct

  comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales

• rec: cd-hit

  suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

• rec: cdbfasta

  indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

• rec: centrifuge

  système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

• rec: cgview

  visionneuse de génome circulaire

• rec: changeo

  boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

• rec: chimeraslayer

  détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase

• rec: chromhmm

  découverte et caractérisation d’état de chromatine

• rec: chromimpute

  attribution d’épigénome systématique à grande échelle

• rec: cif-tools

  Suite of tools to manipulate, validate and query mmCIF files

• rec: circlator

  circularisation d'assemblages de génomes

• rec: circos

  outil de dessin pour visualiser des données

• rec: clearcut

  reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

• rec: clonalframe

  inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

• rec: clonalframeml

  inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

• rec: clonalorigin

  inférence de recombinaison homologue dans les bactéries grâce à des séquences de génomes entiers

• rec: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• rec: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• rec: clustalx

  alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

• rec: cnvkit

  Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

• rec: codonw

  analyse de correspondance d'utilisation de codon

• rec: comet-ms

  moteur de recherche de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS)

• rec: concavity

  prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

• rec: conservation-code

  outil de notation de la conservation des séquences de protéines

• rec: covtobed

  conversion de « track » de couverture d’un fichier BAM dans un fichier BED

• rec: crac

  integrated RNA-Seq read analysis

• rec: csb

  Computational Structural Biology Toolbox (CSB)

• rec: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• rec: cutesv

  comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences

• rec: daligner

  alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

• rec: damapper

  long read to reference genome mapping tool

• rec: datamash

  outil de statistiques pour interface en ligne de commande

• rec: dawg

  simulate the evolution of recombinant DNA sequences

• rec: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• rec: delly

  découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

• rec: density-fitness

  Calculates per-residue electron density scores

• rec: dextractor

  (d)extractor and compression command library

• rec: dialign

  alignement de plusieurs séquences par segments

• rec: dialign-tx

  alignement séquentiel multiple basé sur les segments

• rec: diamond-aligner

  aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

• rec: discosnp

  détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

• rec: disulfinder

  prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

• rec: dnaclust

  outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

• rec: dnarrange

  Method to find rearrangements in long DNA reads relative to a genome seq

• rec: dotter

  comparaison détaillée de deux séquences génétiques

• rec: drop-seq-tools

  analyzing Drop-seq data

• rec: dssp

  protein secondary structure assignment based on 3D structure

• rec: dwgsim

  simulateur de lectures courtes de séquençage

• rec: e-mem

  calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

• rec: ea-utils

  command-line tools for processing biological sequencing data

• rec: ecopcr

  estimate PCR barcode primers quality

• rec: edtsurf

  surfaces de maillage triangulaire pour les structures de protéines

• rec: eigensoft

  reduction of population bias for genetic analyses

• rec: elph

  DNA/protein sequence motif finder

• rec: embassy-domainatrix

  commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

• rec: embassy-domalign

  commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

• rec: embassy-domsearch

  commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

• rec: emboss

  ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

• rec: emmax

  cartographie génétique en fonction de la structure de la population

• rec: estscan

  détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN

• rec: examl

  code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

• rec: exonerate

  outil générique pour la comparaison de deux séquences

• rec: fasta3

  tools for searching collections of biological sequences

• rec: fastahack

  utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

• rec: fastani

  Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity

• rec: fastaq

  outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

• rec: fastdnaml

  outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

• rec: fastlink

  version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

• rec: fastml

  reconstruction d’ancestrales séquences d’acide aminé par maximum de vraisemblance

• rec: fastp

  Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

• rec: fastq-pair

  réécriture des appairages fastq pour que toutes les lectures aient une partenaire et éviter les singletons

• rec: fastqc

  contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

• rec: fastqtl

  mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires

• rec: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• rec: ffindex

  index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers

• rec: figtree

  visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

• rec: filtlong

  quality filtering tool for long reads of genome sequences

• rec: fitgcp

  fitting genome coverage distributions with mixture models

• rec: flash

  Fast Length Adjustment of SHort reads

• rec: flexbar

  code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

• rec: flye

  assembleur de novo pour les lectures de séquençage de molécule unique utilisant un graphe de répétitions

• rec: fml-asm

  outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

• rec: freebayes

  détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage

• rec: freecontact

  prédicteur rapide de contact de protéine

• rec: fsa

  Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

• rec: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

• rec: gamgi

  interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)

• rec: garli

  phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood

• rec: garlic

  logiciel de visualisation de biomolécules

• rec: gasic

  genome abundance similarity correction

• rec: gatb-core

  Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph

• rec: gbrowse

  navigateur de génome générique GMOD

• rec: gdpc

  Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire

• rec: gemma

  Genome-wide Efficient Mixed Model Association

• rec: genometester

  boîte à outils pour réaliser des opérations d’ensembles sur des listes de k-mères

• rec: genomethreader

  outil logiciel pour le calcul de prédictions de structure de gène

• rec: genometools

  boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

• rec: genomicsdb-tools

  sparse array storage library for genomics (tools)

• rec: gentle

  ensemble de logiciels pour planifier le clonage génétique

• rec: gff2aplot

  tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

• rec: gff2ps

  Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• rec: ggd-utils

  programs for use in ggd

• rec: ghemical

  environnement de modélisation moléculaire sous GNOME

• rec: ghmm

  General Hidden-Markov-Model library - tools

• rec: glam2

  motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

• rec: gmap

  alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

• rec: grabix

  wee tool for random access into BGZF files

• rec: graphlan

  circular representations of taxonomic and phylogenetic trees

• rec: grinder

  simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

• rec: gromacs

  Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

• rec: gsort

  sort genomic data

• rec: gubbins

  phylogenetic analysis of genome sequences

• rec: gwama

  Genome-Wide Association Meta Analysis

• rec: harvest-tools

  archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

• rec: hhsuite

  recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

• rec: hilive

  alignement en temps réel des lectures Illumina

• rec: hinge

  assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: hmmer2

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: hyphy-mpi

  Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

  ou hyphy-pt

  Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

• rec: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• rec: igblast

  Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis

• rec: igor

  infers V(D)J recombination processes from sequencing data

• rec: igv

  visualiseur génomique intégratif

• rec: indelible

  powerful and flexible simulator of biological evolution

• rec: infernal

  inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

• rec: insilicoseq

  sequencing simulator producing realistic Illumina reads

• rec: ipig

  intégration de PSM dans des visualisations de navigateur de génome

• rec: iqtree

  logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

• rec: iva

  assemblage itératif de séquences virales

• rec: jaligner

  algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

• rec: jalview

  multiple alignment editor

• rec: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• rec: jellyfish1

  count k-mers in DNA sequences

• rec: jmodeltest

  sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide

• rec: jmol

  visualisateur moléculaire

• rec: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

• rec: kallisto

  quantification RNA-seq presque optimale

• rec: kaptive

  obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

• rec: khmer

  comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

• rec: kineticstools

  détection de modification d’ADN

• rec: king-probe

  évaluation et visualisation de compacité interatomique de protéines

• rec: kissplice

  détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

• rec: kleborate

  tool to screen Klebsiella genome assemblies

• rec: kma

  mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases

• rec: kmc

  décompte de k-mers dans des séquences de génome

• rec: kmer

  suite of tools for DNA sequence analysis

• rec: kmerresistance

  correlates mapped genes with the predicted species of WGS samples

• rec: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• rec: kraken2

  taxonomic classification system using exact k-mer matches

• rec: lagan

  highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner

• rec: lamarc

  analyse de vraisemblance avec l’algorythme de Metropolis en utilisant la théorie de la coalescence

• rec: lamassemble

  fusion de lectures « longues » d’ADN chevauchantes en séquences consensus

• rec: lambda-align

  Local Aligner for Massive Biological DatA

• rec: lambda-align2

  Local Aligner for Massive Biological DatA - v2

• rec: last-align

  comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

• rec: lastz

  pairwise aligning DNA sequences

• rec: leaff

  biological sequence library utilities and applications

• rec: lefse

  determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes

• rec: libpwiz-tools

  ProteoWizard command line tools

• rec: librg-utils-perl

  analyseurs syntaxiques et les utilitaires de conversion de format, utilisés par profphd

• rec: libvcflib-tools

  C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

• rec: lighter

  fast and memory-efficient sequencing error corrector

• rec: logol

  Paquet indisponible

• rec: loki

  analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

• rec: ltrsift

  post-traitement et classification de rétrotransposons LTR

• rec: lucy

  DNA sequence quality and vector trimming tool

• rec: lumpy-sv

  general probabilistic framework for structural variant discovery

• rec: macs

  analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

• rec: macsyfinder

  detection of macromolecular systems in protein datasets

• rec: maffilter

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format

• rec: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• rec: malt

  sequence alignment and analysis tool to process sequencing data

• rec: mapdamage

  tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

• rec: mapsembler2

  bioinformatics targeted assembly software

• rec: maq

  correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

• rec: maqview

  graphical read alignment viewer for short gene sequences

• rec: mash

  estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

• rec: massxpert

  paquet de transition pour massxpert -> massxpert2

• rec: mauve-aligner

  multiple genome alignment

• rec: mcaller

  recherche de méthylation dans les lectures de nanopore

• rec: mecat2

  ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads

• rec: megadepth

  computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

• rec: megahit

  ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler

• rec: megan-ce

  interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data

• rec: melting

  calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

• rec: meryl

  in- and out-of-core kmer counting and utilities

• rec: metabat

  robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data

• rec: metaphlan

  Metagenomic Phylogenetic Analysis

• rec: metastudent

  predictor of Gene Ontology terms from protein sequence

• rec: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• rec: microbegps

  outil d’investigation pour le profilage taxonomique de données métagénomiques

• rec: microbiomeutil

  utilitaires d'analyse de microbiome

• rec: mindthegap

  détection et assemblage de variantes d’insertion d’ADN dans les ensembles de lectures NGS

• rec: minexpert2

  visualisation et fouille de données de spectrométrie de masse MS^n – exécutable

• rec: minia

  short-read biological sequence assembler

• rec: miniasm

  assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

• rec: minimac4

  Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM

• rec: minimap

  correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

• rec: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• rec: mipe

  Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

• rec: mira-assembler

  assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

• rec: mirtop

  annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming

• rec: mlv-smile

  Find statistically significant patterns in sequences

• rec: mmb

  model the structure and dynamics of macromolecules

• rec: mmseqs2

  recherche et partitionnement de protéines ultra rapide et sensible

• rec: mosdepth

  calcul de couverture BAM/CRAM de séquençage biologique

• rec: mothur

  ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

• rec: mptp

  single-locus species delimitation

• rec: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• rec: multiqc

  output integration for RNA sequencing across tools and samples

• rec: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• rec: murasaki

  homology detection tool across multiple large genomes

  ou murasaki-mpi

  homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

• rec: muscle

  programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: muscle3

  multiple alignment program of protein sequences

• rec: mustang

  alignement structurel multiple de protéines

• rec: nanofilt

  filtrage et ajustement de données de séquençage de longues lectures

• rec: nanolyse

  remove lambda phage reads from a fastq file

• rec: nanook

  pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

• rec: nanopolish

  identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

• rec: nanostat

  statistics on long biological sequences

• rec: nanosv

  structural variant caller for nanopore data

• rec: nast-ier

  NAST-based DNA alignment tool

• rec: ncbi-acc-download

  download genome files from NCBI by accession

• rec: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• rec: ncbi-blast+-legacy

  script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

• rec: ncbi-entrez-direct

  NCBI Entrez utilities on the command line

• rec: ncbi-epcr

  outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

• rec: ncbi-seg

  tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences

• rec: ncbi-tools-bin

  bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

• rec: ncbi-tools-x11

  bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires⋅X

• rec: ncl-tools

  outil pour traiter avec les fichiers NEXUS

• rec: ncoils

  prédiction de structure secondaire de superhélice

• rec: neobio

  calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

• rec: ngmlr

  CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads

• rec: njplot

  programme de dessin d’arbre phylogénétique

• rec: norsnet

  tool to identify unstructured loops in proteins

• rec: norsp

  predictor of non-regular secondary structure

• rec: ntcard

  Streaming algorithm to estimate cardinality in genomics datasets

• rec: nxtrim

  Optimized trimming of Illumina mate pair reads

• rec: obitools

  programmes d’analyse de données NGS dans un contexte de barcoding moléculaire

• rec: openms

  package for LC/MS data management and analysis

• rec: optimir

  Integrating genetic variations in miRNA alignment

• rec: pal2nal

  converts proteins to genomic DNA alignment

• rec: paleomix

  pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

• rec: paml

  PAML – analyse de phylogenèse par maximum de vraisemblance

• rec: paraclu

  Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

• rec: parasail

  Aligner based on libparasail

• rec: parsinsert

  Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

• rec: parsnp

  rapid core genome multi-alignment

• rec: patman

  rapid alignment of short sequences to large databases

• rec: pbdagcon

  sequence consensus using directed acyclic graphs

• rec: pbhoney

  genomic structural variation discovery

• rec: pbjelly

  genome assembly upgrading tool

• rec: pbsim

  simulateur pour les lectures de séquences de PacBio

• rec: pbsuite

  software for Pacific Biosciences sequencing data

• rec: pdb2pqr

  Preparation of protein structures for electrostatics calculations

• rec: perlprimer

  Conception graphique d'amorce de PCR

• rec: perm

  efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

• rec: pftools

  build and search protein and DNA generalized profiles

• rec: phast

  phylogenetic analysis with space/time models

• rec: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• rec: phybin

  binning/clustering newick trees by topology

• rec: phylip

  paquet de programmes pour déduire les phylogénies

• rec: phylonium

  Fast and Accurate Estimation of Evolutionary Distances

• rec: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• rec: physamp

  sample sequence alignment corresponding to phylogeny

• rec: phyutility

  simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

• rec: phyx

  UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences

• rec: picard-tools

  Command line tools to manipulate SAM and BAM files

• rec: picopore

  lossless compression of Nanopore files

• rec: pigx-rnaseq

  pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses

• rec: piler

  genomic repeat analysis

• rec: pilercr

  software for finding CRISPR repeats

• rec: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• rec: pinfish

  outils pour l’annotation de génomes en utilisant des données transcriptomiques de lectures longues

• rec: pique

  software pipeline for performing genome wide association studies

• rec: pirs

  Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

• rec: pizzly

  identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

• rec: placnet

  Plasmid Constellation Network project

• rec: plasmidid

  mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool

• rec: plasmidomics

  dessin de plasmides et de vecteurs avec export de graphiques en PostScript

• rec: plasmidseeker

  identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads

• rec: plast

  Parallel Local Sequence Alignment Search Tool

• rec: plink

  outils d'analyse d'associations sur le génome entier

• rec: plink1.9

  outils d'analyse d'associations sur le génome entier

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  whole-genome association analysis toolset

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  fully automated protein-ligand interaction profiler

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  alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

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  logiciel de génétique de populations

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  adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

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  toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

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  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

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  prédiction et analyse de signaux de localisation nucléaire de protéines

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  toolkit for processing B and T cell sequences

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  bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

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  outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

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  PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)

• rec: proalign

  logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

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  Toolset for Genome-Wide Association Analysis

• rec: probalign

  alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

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  alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

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  Alignement multiple de séquences protéiques

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  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• rec: profbval

  prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence

• rec: profisis

  prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence

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  neural network architecture for profbval

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  neural network architecture for profchop

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  neural network architecture for profcon

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  neural network architecture for profisis

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  neural network architecture for metadisorder

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  neural network architecture for norsnet

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  neural network architecture for profacc

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  neural network architecture for snapfun

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  architecture de réseaux de neurones pour le paquet profphd

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  profphd helper utilities convert_seq and filter_hssp

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  per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels

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  multiple genome alignment algorithms

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  rapid annotation of prokaryotic genomes

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  Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

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  selection of best-fit models of protein evolution

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  Protein Variation Effect Analyzer

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  ChIP-based identifcation of TF binding sites

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  search for transcription factor binding sites

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  outil de prédiction de localisation bactérienne

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  Extract sequence from a fasta or fastq

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  computes metrics and generates Interactive QC plots

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  outil pour l’ajustement de courbes de corrélation sur un tracé logarithmique

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  installs data from the Ensembl genome database

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  fast random access to sequences from FASTA/Q file - command

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  système de graphismes moléculaires

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  scientific tool for perpendicular line scanning FCS

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  BioMAJ daemon library

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  visualizing high-throughput microbial community data

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  Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

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  Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

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  enveloppe de Python 3 pour BEDTools pour des tâches de bio-informatique

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  SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data

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  inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3

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  helper scripts for Variant Call Format (VCF) parser

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  demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files

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  quality control of genomic sequences

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  QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

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  Tool set for molecular QTL discovery and analysis

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  algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies

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  QUality Optimized Reads of genomic sequences

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  visualisation interactive de macromolécules

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  GNU R string objects representing biological sequences

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  CNE Detection and Visualization

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  tool for analysis of Cufflinks RNA-Seq output

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  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

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  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

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  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

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  methods for filtering genes from microarray experiments

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  Get data from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)

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  paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données

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  GNU R filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data

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  Imputation for microarray data

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  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

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  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

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  Integrative network analysis of omics data

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  GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing

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  Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)

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  Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor

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  BioConductor collection of PCA methods

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  Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

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  GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

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  lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

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  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

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  paquet GNU R pour l'analyse de structures biologiques

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  GNU R distance between phylogenetic histories

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  Encoding of Sequences Based on Frequency Matrix Chaos

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  GNU R bayesian mixture analysis for metagenomic community profiling

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  GNU R package for phylogenetic analysis

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  R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers

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  paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

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  Species Distribution Modelling Tools

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  Tools for Single Cell Genomics

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  Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

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  GNU R ChIP-seq processing pipeline

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  Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires

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  Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

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  Paquet indisponible

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  t-distributed stochastic neighbor embedding for R (t-SNE)

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  Community Ecology Package for R

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  find over-represented properties in gene lists

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  Weighted Correlation Network Analysis

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  Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumours

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  GNU R package for fine-mapping complex diseases

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  Basic Exploration and Analysis of Drop-seq Data

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  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

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  explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

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  Reference-Assisted Genome Ordering UTility

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  Read Assignment Method Based On K-mers

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  module for sampling genomic sequences

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  rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping

• rec: rasmol

  visualisation de macromolécules biologiques

• rec: raster3d

  outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

• rec: rate4site

  detector of conserved amino-acid sites

• rec: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• rec: ray

  de novo genome assemblies of next-gen sequencing data

• rec: rdp-alignment

  paquet d’outils d’alignement de RDP (Ribosomal Database Project)

• rec: rdp-classifier

  extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

• rec: rdp-readseq

  Ribosomal Database Project (RDP) sequence reading and writing

• rec: readseq

  conversion entre formats de séquences

• rec: readucks

  Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)

• rec: reapr

  outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

• rec: recan

  tracé de distances génétiques l’analyse de recombinaison d’évènements

• rec: relion

  toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

• rec: relion-gui

  toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)

• rec: repeatmasker-recon

  finds repeat families from biological sequences

• rec: reprof

  prédicteur de structure secondaire de protéines et d'accessibilité

• rec: resfinder

  identify acquired antimicrobial resistance genes

• rec: rna-star

  aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

• rec: rnahybrid

  prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

• rec: roary

  pipeline de pangénome autonome et très rapide

• rec: rockhopper

  system for analyzing bacterial RNA-seq data

• rec: roguenarok

  versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification

• rec: rsem

  RNA-Seq by Expectation-Maximization

• rec: rtax

  classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

• rec: runcircos-gui

  outil graphique pour exécuter circos

• rec: saint

  Significance Analysis of INTeractome

• rec: salmid

  rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data

• rec: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• rec: sambamba

  tools for working with SAM/BAM data

• rec: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• rec: samclip

  filter SAM file for soft and hard clipped alignments

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: savvy-util

  conversion tool for SAV file format

• rec: scoary

  pangenome-wide association studies

• rec: scrappie

  basecaller for Nanopore sequencer

• rec: scrm

  simulator of evolution of genetic sequences

• rec: scythe

  élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence

• rec: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

• rec: seer

  genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

• rec: segemehl

  associations de lectures courtes avec des trous

• rec: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

• rec: seqan-needle

  pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences

• rec: seqan-raptor

  pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

• rec: seqkit

  cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation

• rec: seqmagick

  imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

• rec: seqprep

  stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

• rec: seqsero

  Salmonella serotyping from genome sequencing data

• rec: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

• rec: sga

  de novo genome assembler that uses string graphs

• rec: shasta

  nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)

• rec: shovill

  assemblage de génomes d’isolats bactériens à partir de lectures paired-end Illumina

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

• rec: sibsim4

  Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

• rec: sickle

  outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

• rec: sigma-align

  alignement de multiples séquences d'ADN non codant

• rec: sim4

  Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

• rec: sim4db

  alignement par lot d’épissages de séquences de cDNA pour un génome cible

• rec: simka

  comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

• rec: simkamin

  approximate comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets

• rec: ska

  Split Kmer Analysis

• rec: skesa

  strategic Kmer extension for scrupulous assemblies

• rec: skewer

  post-processing of high-throughput DNA sequence reads

• rec: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: smithwaterman

  determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

• rec: smrtanalysis

  software suite for single molecule, real-time sequencing

• rec: snap

  location of genes from DNA sequence with hidden markov model

• rec: snap-aligner

  Scalable Nucleotide Alignment Program

• rec: sniffles

  structural variation caller using third-generation sequencing

• rec: snp-sites

  code binaire pour le paquet snp-sites

• rec: snpeff

  genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool

• rec: snpomatic

  logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

• rec: snpsift

  tool to annotate and manipulate genome variants - tool

• rec: soapaligner

  aligner of short reads of next generation sequencers

• rec: soapdenovo

  short-read assembly method to build de novo draft assembly

• rec: soapdenovo2

  méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

• rec: soapsnp

  resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

• rec: sortmerna

  tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

• rec: spaced

  alignment-free sequence comparison using spaced words

• rec: spades

  assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

• rec: spaln

  alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique

• rec: spoa

  SIMD partial order alignment tool

• rec: sprai

  single-pass sequencing read accuracy improver

• rec: spread-phy

  analyze and visualize phylogeographic reconstructions

• rec: squizz

  convertisseur pour les séquences génétiques et les alignements

• rec: sra-toolkit

  utilities for the NCBI Sequence Read Archive

• rec: srst2

  Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

• rec: ssake

  application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

• rec: sspace

  scaffolding pre-assembled contigs after extension

• rec: ssw-align

  Smith-Waterman aligner based on libssw

• rec: stacks

  pipeline for building loci from short-read DNA sequences

• rec: staden

  DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools

• rec: staden-io-lib-utils

  programs for manipulating DNA sequencing files

• rec: stringtie

  assemble short RNAseq reads to transcripts

• rec: subread

  boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

• rec: suitename

  categorize each suite in an RNA backbone

• rec: sumaclust

  fast and exact clustering of genomic sequences

• rec: sumatra

  fast and exact comparison and clustering of sequences

• rec: sumtrees

  Phylogenetic Tree Summarization and Annotation

• rec: surankco

  Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies

• rec: surpyvor

  modification of VCF files with SURVIVOR

• rec: survivor

  tool set for simulating/evaluating SVs

• rec: svim

  Structural variant caller for long sequencing reads

• rec: swarm

  robust and fast clustering method for amplicon-based studies

• rec: sweed

  assessment of SNPs for their evolutionary advantage

• rec: t-coffee

  alignement multiple de séquences

• rec: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

• rec: tantan

  masqueur de répétitions en tandem peu complexes pour bioséquences

• rec: terraphast

  enumerate terraces in phylogenetic tree space

• rec: theseus

  superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance

• rec: thesias

  test des effets d’haplotypes dans les études d’associations

• rec: tiddit

  structural variant calling

• rec: tigr-glimmer

  Détection de gènes dans des archées et des bactéries

• rec: tm-align

  alignement structurel de protéines

• rec: tnseq-transit

  statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

• rec: toil

  cross-platform workflow engine

• rec: tombo

  identification of modified nucleotides from raw nanopore sequencing data

• rec: tophat-recondition

  post-processor for TopHat unmapped reads

• rec: topp

  ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

• rec: toppred

  transmembrane topology prediction

• rec: tortoize

  Application to calculate ramachandran z-scores

• rec: trace2dbest

  bulk submission of chromatogram data to dbEST

• rec: tracetuner

  interpretation of DNA Sanger sequencing data

• rec: transdecoder

  recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

• rec: transrate-tools

  assistant pour Transrate

• rec: transtermhp

  trouve les terminateurs de transcription dans les génomes bactériens

• rec: tree-puzzle

  reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale

  ou tree-ppuzzle

  Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum

• rec: treeview

  réimplémentation en Java de TreeView de Michael Eisen

• rec: treeviewx

  affiche et imprime les arbres phylogénétiques

• rec: trf

  locate and display tandem repeats in DNA sequences

• rec: trim-galore

  automate quality and adapter trimming for DNA sequencing

• rec: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

• rec: tvc

  genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

• rec: twopaco

  construction des graphes de de Bruijn à partir de plusieurs génomes complets

• rec: uc-echo

  algorithme de correction d'erreurs pour les lectures courtes réalisées à partir de NGS

• rec: umap-learn

  Uniform Manifold Approximation and Projection

• rec: umis

  tools for processing UMI RNA-tag data

• rec: uncalled

  Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA

• rec: unicycler

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

• rec: unikmer

  Toolkit for nucleic acid k-mer analysis

• rec: varna

  appliquette de visualisation d’ARN

• rec: vcfanno

  annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files

• rec: vcftools

  ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

• rec: velvet

  assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

  ou velvet-long

  assembleur de séquences d’acide nucléique pour des très courtes lectures, version longue

• rec: velvetoptimiser

  optimisation automatique de paramètres pour Velvet, assembleur génomique de type de novo

• rec: virulencefinder

  identify virulence genes in total or partial sequenced isolates of bacteria

• rec: vmatch

  large scale sequence analysis software

• rec: vsearch

  outil pour le traitement de séquences métagénomiques

• rec: vt

  toolset for short variant discovery in genetic sequence data

• rec: wham-align

  méthode Wisconsin d’alignement à haut débit

• rec: wigeon

  réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN 16S Pintail

• rec: wise

  comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

• rec: xpore

  Nanopore analysis of differential RNA modifications

• rec: yaha

  find split-read mappings on single-end queries

• rec: yanagiba

  filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

• rec: yanosim

  simulateur de lectures pour des ensembles de données DRS de nanopore

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  simulateur moléculaire pour GNUstep − interface graphique

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  Paquet indisponible

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  aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

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  phylogenetic sequence analysis suite - main program

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  toolkit for analysing high-throughput sequencing data

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  blocks database improved searcher

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  prédiction d’adaptateur pour de petits séquençages d’ARN – outils

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  QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data

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