Paquet : mafft (7.505-1 et autres)

[ Paquet source : mafft  ]

programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

MAFFT est un programme d'alignement multiple de séquences qui offre trois méthodes orientées précision : - L-INS-i : probablement la plus précise ; recommandée pour moins de

   200 séquences ; méthode de raffinement itératif qui incorpore les
   informations d'alignement des paires locales ;

- G-INS-i : convient pour des séquences de longueurs similaires ;

   recommandée pour moins de 200 séquences ; méthode de raffinement
   itératif qui incorpore les informations d'alignement des paires
   globales ;

- E-INS-i : convient pour des séquences qui contiennent de grandes régions

   non-alignables ; recommandée pour moins de 200 séquences.
   MAFFT fournit également cinq méthodes orientées vitesse :
 - FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif de deux cycles seulement ;
 - FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif d'un maximum de 1 000

itérations ;

 - FFT-NS-2 : rapide, méthode progressive ;
 - FFT-NS-1 : très rapide, recommandé pour plus de 2 000 séquences ;
    méthode progressive avec un arbre de recherche grossier ;
 - NW-NS-PartTree-1 : recommandé pour environ 50 000 séquences ; méthode
    progressive avec l'algorithme PartTree.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à mafft

• dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• rec: blast2

  Paquet indisponible

• rec: libwww-perl

  interface simple et cohérente au world-wide web

• rec: lynx

  navigateur web non graphique (en mode texte)

• rec: ruby

  interpréteur pour le langage de script orienté objet Ruby – version par défaut

• enh: t-coffee

  alignement multiple de séquences

Télécharger mafft

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	7.505-1	1 032,8 ko	15 184,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	7.505-1	1 052,5 ko	11 920,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	7.505-1	911,0 ko	12 026,0 ko	[liste des fichiers]
armel	7.505-1	916,0 ko	12 403,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	7.505-1	765,3 ko	9 139,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	7.505-1	890,5 ko	11 092,0 ko	[liste des fichiers]
i386	7.505-1	983,3 ko	13 119,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	7.505-1	1 103,2 ko	24 053,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	7.505-1	968,3 ko	10 923,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	7.505-1	873,9 ko	14 427,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	7.505-1	1 036,3 ko	16 784,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	7.505-1	1 019,2 ko	16 336,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	7.505-1+b1	1 085,5 ko	9 760,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	7.505-1	891,0 ko	13 010,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	7.505-1	879,0 ko	11 959,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	7.505-1	1 056,5 ko	33 604,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	7.505-1	1 041,3 ko	11 379,0 ko	[liste des fichiers]