Paquet : macs (3.0.1-2 et autres)

[ Paquet source : macs  ]

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

MACS modélise empiriquement la longueur des fragments ChIP séquencés, qui tend à être plus courte que les estimations de taille par sonication ou banque de construction, et l'utilise pour améliorer la résolution spatiale de sites de liaison prévisible. MACS utilise aussi une distribution de Poisson dynamique pour capturer efficacement des biais locaux dans la séquence du génome, permettant une prédiction plus sensible et robuste. MACS est tout à fait comparable aux algorithmes existants de recherche de pics dans les ChIP-Seq, est disponible publiquement en open source, et peut être utilisé pour des ChIP-Seq sans ou avec échantillons de contrôle.

Autres paquets associés à macs

• dep: cython3 [x32]

  C-Extensions for Python 3

• dep: cython3-legacy [alpha, hppa, ppc64, sparc64]

  C-Extensions for Python 3 (legacy version 0.29)

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, ppc64, sparc64, x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.30) [ia64]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.12) [x32]

  dep: python3 (<< 3.13) [non ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.9) [ia64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [non ia64]

  dep: python3 (>= 3.8~) [ia64]

• dep: python3-cykhash [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  enveloppe de cython pour « khash-sets/maps » pour une implémentation efficace de « isin » et « unique »

• dep: python3-hmmlearn [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  unsupervised learning and inference of Hidden Markov Models

• dep: python3-numpy [alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

  dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0) [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64, x32]

  dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [sh4]

• dep: python3-numpy-abi9 [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

• dep: python3-scipy [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-sklearn [non alpha, hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, riscv64, s390x]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [m68k, sh4]

Télécharger macs

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.2.9.1-1+b1	3 178,8 ko	11 058,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.0.1-2	4 425,1 ko	14 386,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.0.1-2	3 924,4 ko	14 472,0 ko	[liste des fichiers]
armel	3.0.1-2	3 938,0 ko	13 353,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	3.0.1-2	4 036,1 ko	10 033,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.2.9.1-1+b1	3 147,9 ko	10 806,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.0.1-2	4 419,1 ko	15 630,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.2.6-3+b1	2 653,4 ko	11 172,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.0.1-2	3 943,7 ko	13 081,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.2.9.1-1+b1	3 177,0 ko	11 663,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	3.0.1-2	4 251,0 ko	17 997,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	3.0.1-2	4 506,9 ko	11 445,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	3.0.1-2	4 265,3 ko	14 839,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.0.1-2	4 869,1 ko	13 307,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.2.9.1-1+b1	2 977,6 ko	28 654,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.2.9.1-1	2 527,6 ko	5 365,0 ko	[liste des fichiers]