Paquet : kraken (1.1.1-4 et autres)

[ Paquet source : kraken  ]

assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Kraken is a system for assigning taxonomic labels to short DNA sequences, usually obtained through metagenomic studies. Previous attempts by other bioinformatics software to accomplish this task have often used sequence alignment or machine learning techniques that were quite slow, leading to the development of less sensitive but much faster abundance estimation programs. Kraken aims to achieve high sensitivity and high speed by utilizing exact alignments of k-mers and a novel classification algorithm.

In its fastest mode of operation, for a simulated metagenome of 100 bp reads, Kraken processed over 4 million reads per minute on a single core, over 900 times faster than Megablast and over 11 times faster than the abundance estimation program MetaPhlAn. Kraken's accuracy is comparable with Megablast, with slightly lower sensitivity and very high precision.

Autres paquets associés à kraken

• dep: jellyfish1

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, m68k, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, m68k, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]

  Paquet indisponible

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [m68k, sh4]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [non m68k, sh4]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

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Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.1.1-4	736,2 ko	1 773,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.1.1-4	734,8 ko	1 531,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.1.1-4	729,2 ko	1 707,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.1.1-4	739,1 ko	1 530,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.1.1-4	749,9 ko	1 700,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.10.5~beta-4	721,8 ko	1 440,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.1.1-4	736,3 ko	1 789,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.1.1-4	736,9 ko	1 771,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.1.1-4	735,8 ko	1 771,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.1.1-4+b1	734,2 ko	1 460,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.10.5~beta-4	729,3 ko	1 416,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.1.1-4	728,4 ko	7 416,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.1.1-4	734,8 ko	1 497,0 ko	[liste des fichiers]