Paquet : blixem (4.44.1+dfsg-7.1) [debports]

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navigateur interactif d’alignements de séquences

Blixem est un navigateur interactif d’alignements de séquences qui ont été empilés dans un alignement multiple de type « maître-esclave » ; il ne s’agit pas d’un vrai alignement multiple mais d’un alignement « un vers beaucoup ».

 * section aperçu montrant les emplacements des gènes et des alignements
   autour de la fenêtre d’alignement ;
 * section détail montrant l’alignement de séquences de protéines ou de
   nucléotides dans la séquence d’ADN génomique ;
 * voir des alignements entre les deux brins de la séquence de référence ;
 * voir des séquences en mode nucléotide ou protéine ; en mode protéine,
   Blixem affiche la traduction en trois cadres de la séquence de
   référence ;
 * les résidus sont surlignés en différentes couleurs en fonction de s’il
   s’agit d’une correspondance parfaite, d’une substitution conservée ou
   d’une non-correspondance ;
 * les alignements avec trous sont pris en charge, les insertions ou
   suppressions étant surlignées dans la séquence correspondante ;
 * les correspondances peuvent être triées et filtrées ;
 * les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) et autres variations
   peuvent être surlignés dans la séquence de référence ;
 * les queues Poly(A) peuvent être affichées et les signaux poly(A) peuvent
   être surlignés dans la séquence de référence.

Autres paquets associés à blixem

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libcurl4 (>= 7.16.2)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)

  library for visualising sequence alignments

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  bibliothèque GLib de routines C

• dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.14.0)

  bibliothèque d'interface graphique utilisateur GTK –⋅version ancienne

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Mise en place et rendu de texte internationalisé

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  Bibliothèque partagée SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger blixem

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	1 378,9 ko	3 243,0 ko	[liste des fichiers]