Paquet : sga (0.10.14-2) [debports]

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de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Autres paquets associés à sga

• dep: libbamtools2.4.0

  Paquet indisponible

• dep: libc6 (>= 2.23)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1)

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python

  Paquet indisponible

• dep: python-pysam

  Paquet indisponible

• dep: python-ruffus

  Paquet indisponible

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: abyss (>= 1.5.2-2)

  assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

Télécharger sga

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
hppa (portage non officiel)	977,9 ko	2 993,0 ko	[liste des fichiers]