Paquet : qiime (2024.2.0-1)

[ Paquet source : qiime  ]

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

Les microbes sont omniprésents autour des humains, des animaux, des plantes et de tous leurs parasites, avec un forte interaction sur eux et sur leur environnement. La qualité du sol vient à l’esprit, mais aussi l’effet qu’ont les bactéries sur tous. Les humains influent sur leur abondance relative et absolue par des antibiotiques, des aliments, des engrais ou tout ce qui vient à l’esprit, et ces changements affectent tout le monde.

QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle. Principales caractéristiques :

 — suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
 — système de type sémantique ;
 — système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
   microbiome ;
 — prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
   ligne de commande, graphique) ;

QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.

QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de développement.

Étiquettes: Rôle: Programme

Autres paquets associés à qiime

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  Python 3 library to parse bibtex files

• dep: python3-dateutil

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• dep: python3-dill

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• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

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  Parallel Scripting Library for Python

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  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

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  QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data

• rec: q2-demux

  QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads

• rec: q2-feature-classifier

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• rec: q2-feature-table

  QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

• rec: q2-metadata

  QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata

• rec: q2-quality-filter

  QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming

• rec: q2-types

  QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

• rec: q2cli

  Click-based command line interface for QIIME 2

• rec: q2templates

  Design template package for QIIME 2 Plugins

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