tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript
Gff2aplot est un logiciel pour visualiser ensemble l'alignement de deux
séquences de génomes et leurs annotations. À partir de fichiers d'entrée
au format GFF, il produit les images PostScript pour cet alignement. Le
menu suivant liste les nombreuses fonctionnalités du logiciel gff2aplot⋅:
-⋅des tracés d'alignements complets pour toute caractéristique du fichier
GFF. Les attributs sont définis séparément, de sorte que vous pouvez
les modifier uniquement quels que soient les attributs pour un fichier
donné ou partager la même personnalisation à travers différents
ensembles de données⋅;
-⋅tous les paramètres sont définis par défaut à l'intérieur du logiciel,
mais ils peuvent être aussi pleinement configurés par des fichiers de
personnalisation flexibles de type gff2ps. Le logiciel peut manipuler
plusieurs de ces fichiers, résumant tous les paramètres avant de
produire la figure correspondante. De plus, tous les paramètres de
personnalisation peuvent être définis par des interrupteurs en ligne
de commande, qui permettent aux utilisateurs de jouer avec ces
paramètres avant d'en ajouter à un fichier de personnalisation.
L'ordre de la source est choisi à partir des fichiers d'entrée, si
vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition en
entrée⋅;
-⋅l'ordre des fichiers source est choisi à partir des fichiers d'entrée,
si vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition⋅;
-⋅tous les scores des alignements peuvent être visualisés dans la boîte
«⋅Picture in Picture⋅» en dessous la zone gff2aplot, utilisant des
niveaux de gris en couleur, des niveaux de la couleur définie par
l'utilisateur ou des gradients dépendants du score⋅;
-⋅des polices vectorielles, qui peuvent être choisies parmi les polices de
base par défaut avec PostScript. Les labels de caractéristiques et de
groupes peuvent être pivotés pour améliorer la lisibilité dans les deux
axes d'annotation⋅;
-⋅le logiciel est toujours défini comme un filtre Unix, ainsi il peut
manipuler des données des fichiers, redirections et pipes, l'écriture
produite vers la sortie standard et avertissements vers la sortie
d'erreur standard⋅;
-⋅le logiciel gff2aplot est capable de gérer de nombreux formats de page
réelle (de A0 à A10, et plus - voir les tailles de page disponibles
dans son manuel), incluant celles définies par l'utilisateur. Cela
permet, par exemple, la génération de cartes génomiques de la taille
d'un poster ou l'utilisation d'un appareil de traçage gérant le papier
continu, en portrait ou en paysage⋅;
-⋅vous pouvez dessiner différents alignements sur le même tracé et les
distinguer en utilisant différentes couleurs pour chaque alignement⋅;
-⋅le dictionnaire de formes a été élargi, de sorte que d'autres
caractéristiques de formes sont maintenant disponible (voir le
manuel)⋅;
-⋅les projections d'annotation à travers les tracés d'alignements
(appelés rubans) émulent les transparences par des modèles de
remplissage de couleurs complémentaires. Cette fonctionnalité permet
de montrer la pseudo-fusion de couleur lorsque les rubans horizontaux
et verticaux se chevauchent.
