Paquet : gbrowse (2.56+dfsg-12)

[ Paquet source : gbrowse  ]

navigateur de génome générique GMOD

Ce paquet fournit un navigateur web de génomes simple, mais hautement configurable. C'est un composant du projet « Generic Model Organism Database » (GMOD). Certaines de ses fonctionnalités sont :

 - vues simultanées en perspective et détaillées du génome ;
 - défilement, agrandissement, centrage ;
 - ajout d'URLs arbitraires à toute annotation ;
 - configuration de l'ordre et l'apparence de morceaux personnalisable par
    l'administrateur et l'utilisateur final ;
 - recherche par identifiant de l'annotation, le nom, ou le commentaire ;
 - gestion d'annotation d'une tierce personne en utilisant les formats
    GFF (« General Feature Format ») ;
 - conservation des paramètres entre les sessions ;
 - dépôts d'ADN et de GFF ;
 - connectivité vers des bases de données différentes, incluant BioSQL et
    Chado ;
 - gestion multilingue ;
 - chargement de fonctionnalités tierces ;
 - architecture en greffon personnalisable (par exemple, pour exécuter
    BLAST, exporter et importer dans de nombreux formats, trouver des
    oligonucléotides, concevoir des amorces, créer des cartes de
    restriction, modifier des caractéristiques).

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::web, Rôle: Programme, But: Analyse, use::viewing, web::application, Web: CGI

Autres paquets associés à gbrowse

• dep: apache2

  Serveur HTTP Apache

  ou httpd-cgi

  paquet virtuel fourni par apache2, lighttpd, merecat, mini-httpd, nginx, ocsigenserver, tntnet, yaws

• dep: bioperl

  outils en Perl pour la bio-informatique

• dep: libbio-coordinate-perl

  modules BioPerl pour travailler avec les coordonnées biologiques

• dep: libbio-db-seqfeature-perl

  Normalized feature for use with Bio::DB::SeqFeature::Store

• dep: libbio-graphics-perl

  création d'images GD d'objets Bio::Seq

• dep: libcgi-session-perl

  persistent session data in CGI applications

• dep: libdbd-sqlite3-perl

  Perl DBI driver with a self-contained RDBMS

• dep: libgd-gd2-noxpm-perl

  paquet virtuel fourni par libgd-perl

  ou libgd-gd2-perl

  paquet virtuel fourni par libgd-perl

• dep: libhttp-daemon-perl

  simple http server class

• dep: libio-string-perl

  Emulate IO::File interface for in-core strings

• dep: libjs-prototype

  JavaScript Framework for dynamic web applications

• dep: libjs-scriptaculous

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: libjson-perl

  module for manipulating JSON-formatted data

• dep: libstatistics-descriptive-perl

  Perl module for basic descriptive statistical functions

• dep: libterm-readkey-perl

  perl module for simple terminal control

• dep: libvm-ec2-perl

  module providing controls on Amazon EC2 and Eucalyptus

• dep: libwww-perl

  interface simple et cohérente au world-wide web

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: sqlite3

  interface en ligne de commande pour SQLite 3

• rec: apache2 (>= 2.4.6-4~)

  Serveur HTTP Apache

  ou httpd

  paquet virtuel fourni par apache2, lighttpd, merecat, micro-httpd, mini-httpd, nginx, ocsigenserver, tntnet, webfs, yaws

• sug: gbrowse-calign

  outil auxiliaire CAlign

• sug: gbrowse-data

  données d’échantillon pour utiliser GBrowse

• sug: libfile-nfslock-perl

  perl module to do NFS (or not) locking

Télécharger gbrowse

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	2 317,7 ko	7 017,0 ko	[liste des fichiers]