Paquet : concavity (0.1+dfsg.1-5) [debports]

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prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

ConCavity prédit les sites de liaisons de ligands en combinant la conservation évolutive et la structure en 3D.

ConCavity prend en entrée une structure de protéine au format PDB (« Protein Data Bank ») et des fichiers facultatifs qui caractérisent la séquence de conservation évolutive des chaînes dans le fichier de structure.

Les fichiers de résultat suivants sont produits par défaut :

 −⋅les prédictions de liaisons de ligands résidus pour chaque chaîne
    (*.scores) ;
 −⋅les prédictions de liaisons de ligands résidus au format PDB (les scores
    des résidus sont placés dans le champ dépendant de la température,
    *_residue.pdb) ;
 −⋅les emplacements de prédictions de poche au format DX (*.dx) ;
 −⋅le script PyMOL pour visualiser les prédictions (*.pml).

Autres paquets associés à concavity

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: conservation-code

  outil de notation de la conservation des séquences de protéines

• sug: pymol

  système de graphismes moléculaires

Télécharger concavity

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
hppa (portage non officiel)	236,6 ko	981,0 ko	[liste des fichiers]