Paquet : hmmer (3.4+dfsg-2 et autres)

[ Paquet source : hmmer  ]

profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

HMMER est une implémentation des profils de modèles de Markov cachés pour rechercher des séquences biologiques dans des banques de données en les interrogeant avec des alignements multiples de séquences.

À partir d'un alignement multiple de séquences, HMMER construit un modèle statistique appelé « modèle de Markov caché », qui peut ensuite être utilisé pour interroger une banque de séquences afin de trouver plus d'homologues à la famille de séquences et, éventuellement, de les aligner.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::searching, works-with-format::plaintext, Fonctionne avec: Bases de données

Autres paquets associés à hmmer

• dep: libc6 (>= 2.15) [hppa, m68k, sparc64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.19) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.15) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

  fast suffix array construction

• sug: hmmer-doc (>= 3.1b2-1) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  profile hidden Markov models for protein sequence analysis (docs)

  sug: hmmer-doc (>= 3.4+dfsg-2) [amd64, arm64, i386, ppc64, x32]

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	3.1b2-1	1 129,7 ko	13 177,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	3.4+dfsg-2	1 037,5 ko	6 466,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	3.4+dfsg-2	932,4 ko	7 248,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	3.1b2-1	969,6 ko	10 721,0 ko	[liste des fichiers]
i386	3.4+dfsg-2	1 068,1 ko	6 187,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	3.1b2-1	850,4 ko	8 566,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	3.4+dfsg-2	1 011,3 ko	6 929,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	3.1b2-1	908,8 ko	8 358,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	3.1b2-1	840,5 ko	9 376,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	3.4+dfsg-2	1 049,1 ko	6 365,0 ko	[liste des fichiers]