Paquet : exonerate (2.4.0-5 et autres)

[ Paquet source : exonerate  ]

outil générique pour la comparaison de deux séquences

Le paquet exonerate permet d'aligner des séquences en utilisant de nombreux modèles d'alignement, en utilisant soit de la programmation dynamique exhaustive, soit divers procédés heuristiques. La plupart des fonctionnalités de l'ensemble de la programmation dynamique ont été réécrites en C pour une meilleure efficacité. Le paquet exonerate est un composant intrinsèque de la construction des bases de données du projet Ensembl genome (par le centre de recherche European Bioinformatics Institute pour fournir des données à l'échelle du génome pour des espèces non-vertébrée), fournissant des notes de similitudes entre les séquences ARN et ADN et ainsi des variants d'épissage et les séquences de codage en général.

Un système In-silico PCR Experiment Simulation (voir la page du manuel d'ipcress) est fourni avec le paquet exonerate.

Ce paquet vient aussi avec une sélection d'utilitaires pour la réalisation rapide de manipulations simples avec des fichiers FASTA dépassant 2 Go.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::TODO, use::searching, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Autres paquets associés à exonerate

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.75.3)

  bibliothèque GLib de routines C

• sug: wise

  comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

• enh: bioperl-run

  scripts d'enveloppe BioPerl

Télécharger exonerate

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	2 093,4 ko	11 018,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.4.0-5+b1	1 917,3 ko	9 639,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.4.0-5+b1	1 724,5 ko	10 163,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.4.0-5+b1	1 541,5 ko	9 362,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.4.0-5+b1	1 622,2 ko	6 434,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	2 026,8 ko	9 361,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.4.0-5+b1	2 028,0 ko	10 410,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	2 608,5 ko	22 832,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	1 764,0 ko	9 098,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.4.0-5+b1	1 728,5 ko	11 371,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	1 775,7 ko	12 787,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.4.0-5+b1	1 793,6 ko	12 595,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.4.0-5+b2	1 963,4 ko	8 123,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.4.0-5+b1	2 233,5 ko	11 559,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	2 336,3 ko	8 698,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	1 673,3 ko	34 221,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.4.0-5+b1	1 878,4 ko	9 590,0 ko	[liste des fichiers]