Paquet : edlib-aligner (1.2.7-5)

[ Paquet source : libedlib  ]

edlib sequence alignment tool using edit distance

Edlib is a lightweight and super fast C/C++ library for sequence alignment using edit distance. This package provides an aligner using this library.

Features of libedlib

 * Calculates edit distance (Levehnstein distance).
 * It can find optimal alignment path (instructions how to transform
   first sequence into the second sequence).
 * It can find just the start and/or end locations of alignment path -
   can be useful when speed is more important than having exact
   alignment path.
 * Supports multiple alignment methods: global(NW), prefix(SHW) and
   infix(HW), each of them useful for different scenarios.
 * You can extend character equality definition, enabling you to e.g.
   have wildcard characters, to have case insensitive alignment or to
   work with degenerate nucleotides.
 * It can easily handle small or very large sequences, even when finding
   alignment path, while consuming very little memory.
 * Super fast thanks to Myers's bit-vector algorithm.

Autres paquets associés à edlib-aligner

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libedlib1 (= 1.2.7-5)

  library for sequence alignment using edit distance

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger edlib-aligner

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	22,1 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	24,1 ko	66,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	22,4 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
armel	19,8 ko	53,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	19,9 ko	49,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	22,6 ko	58,0 ko	[liste des fichiers]
i386	23,1 ko	65,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	27,5 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	22,7 ko	61,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	22,9 ko	87,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	24,9 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	27,5 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	22,4 ko	54,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	26,5 ko	74,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	24,5 ko	85,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	20,5 ko	1 047,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	24,1 ko	65,0 ko	[liste des fichiers]