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Paquet : bedtools (2.30.0+dfsg-2 et autres)

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suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

Les utilitaires BEDTools permettent de traiter les tâches génomiques ordinaires telles que trouver les chevauchements de caractéristiques et informatiser les données. Les utilitaires sont en grande partie basés sur quatre formats de fichier très utilisés : BED, GFF/GTF, VCF et SAM/BAM. En utilisant BEDTools, il est possible de développer des enchainements sophistiqués qui répondent à des questions de recherche en utilisant plusieurs outils séquentiellement.

L'outil groupBy est fourni par le paquet filo.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Ensemble, But: use::analysing, use::comparing, Conversion de données, use::filtering, works-with::biological-sequence

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Architecture Version Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
alpha (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 654,2 ko2 548,0 ko [liste des fichiers]
amd64 2.30.0+dfsg-2 647,7 ko2 060,0 ko [liste des fichiers]
arm64 2.30.0+dfsg-2 565,5 ko1 872,0 ko [liste des fichiers]
armel 2.30.0+dfsg-2 535,5 ko1 759,0 ko [liste des fichiers]
armhf 2.30.0+dfsg-2 558,9 ko1 275,0 ko [liste des fichiers]
hppa (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 638,3 ko2 031,0 ko [liste des fichiers]
i386 2.30.0+dfsg-2 707,9 ko2 279,0 ko [liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 816,5 ko4 408,0 ko [liste des fichiers]
m68k (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 622,1 ko2 047,0 ko [liste des fichiers]
mips64el 2.30.0+dfsg-2 584,8 ko2 591,0 ko [liste des fichiers]
mipsel 2.30.0+dfsg-2 603,8 ko2 463,0 ko [liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 659,2 ko2 776,0 ko [liste des fichiers]
ppc64el 2.30.0+dfsg-2 664,3 ko2 520,0 ko [liste des fichiers]
riscv64 (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 603,9 ko1 530,0 ko [liste des fichiers]
s390x 2.30.0+dfsg-2 566,3 ko2 100,0 ko [liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 748,8 ko1 876,0 ko [liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel) 2.26.0+dfsg-5 460,9 ko1 898,0 ko [liste des fichiers]
x32 (portage non officiel) 2.30.0+dfsg-2 642,1 ko1 927,0 ko [liste des fichiers]