Paquet : allelecount (4.3.0-2 et autres)

[ Paquet source : allelecount  ]

algorithmes pour le compte de copies NGS

Ce paquet prend en charge le code des algorithmes de décompte de copies NGS. Il reçoit un fichier d'emplacements et un fichier [cr|b]am, puis génère un décompte de la couverture de chaque allèle (ACGT) à cet emplacement (avec des configurations de filtre données).

Le paquet allelecount existe essentiellement pour éviter la duplication de code entre certains autres projets, en particulier AscatNGS et Battenberg.

Autres paquets associés à allelecount

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809) [sparc64]

  librairie de compression au format XZ

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger allelecount

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	28,2 ko	119,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	4.3.0-2+b1	28,7 ko	91,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.3.0-2+b1	27,8 ko	119,0 ko	[liste des fichiers]
armel	4.3.0-2+b1	28,3 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	4.3.0-2+b1	27,2 ko	78,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	27,8 ko	87,0 ko	[liste des fichiers]
i386	4.3.0-2+b1	29,1 ko	90,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	32,1 ko	111,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	27,1 ko	86,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.3.0-2+b1	27,3 ko	121,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	29,4 ko	119,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.3.0-2+b1	30,0 ko	119,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.3.0-2+b2	28,3 ko	83,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4.3.0-2+b1	28,3 ko	91,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	29,2 ko	118,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	27,2 ko	1 081,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	4.3.0-2+b1	28,7 ko	90,0 ko	[liste des fichiers]