Paquet : stringtie (3.0.3+ds-1)

[ Paquet source : stringtie  ]

assemble short RNAseq reads to transcripts

The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.

StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.

Autres paquets associés à stringtie

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• sug: cufflinks

  Paquet indisponible

Télécharger stringtie

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	463,5 ko	1 152,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	393,9 ko	1 132,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	398,9 ko	811,0 ko	[liste des fichiers]
i386	499,2 ko	1 455,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	471,7 ko	1 388,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	435,0 ko	852,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	476,6 ko	1 244,0 ko	[liste des fichiers]