Paquet : chimeraslayer (20101212+dfsg1-6)

[ Paquet source : microbiomeutil  ]

détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase

ChimeraSlayer est un utilitaire de détection de séquence chimérique, compatible avec des séquences d'une longueur pratiquement identique à celles de Sanger ainsi qu'avec des séquences 454-FLX plus courtes (environ 500bp).

ChimeraSlayer impose les séries d'étapes d'exploitation suivantes pour signaler des séquences rARN 16S chimériques :

 1. les terminaisons d'une séquence de requête sont recherchées parmi une
     base de données de référence incluse de séquences 16S sans chimère,
     pour identifier des parents potentiels d'une chimère ;
 2. les parents candidats d'une chimère sont sélectionnés selon ceux qui
     donnent le meilleur score d'alignement ramifié par rapport à la
     séquence de requête au format NAST ;
 3. l'alignement NAST de la séquence de requête est amélioré dans un
     réalignement, de profil NAST « vigilant aux chimères », sur les
     séquences parent de référence sélectionnées ;
 4. un environnement de travail de l'évolution est utilisé pour signaler
     des séquences de requête trouvées, afin de présenter une meilleure
     homologie de séquence avec une chimère formée in silico entre chacune
     des deux séquences parent de référence sélectionnées.

Pour lancer Chimera Slayer, vous avez besoin de séquences au format NAST générées par l'utilitaire de type nast.

ChimeraSlayer fait partie de la suite microbiomeutil.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie

Autres paquets associés à chimeraslayer

• dep: cdbfasta

  indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

• dep: microbiomeutil-data

  Reference 16S sequences and NAST-alignments used by microbiomeutil tools

• dep: ncbi-blast+-legacy

  script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

• rec: nast-ier

  NAST-based DNA alignment tool

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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