Paquet : bitseq (0.7.5+dfsg2-1 et autres)

[ Paquet source : bitseq  ]

inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

BitSeq est une application pour inférer des niveaux d’expression de transcripts individuels depuis des données de séquençage (RNA-Seq) et pour estimer l’expression différentielle (DE) entre des « conditions ». Un avantage de cette approche est la capacité d’expliquer l’incertitude technique et la variance biologique pour éviter de faux appels DE. La contribution technique à l’incertitude vient depuis la profondeur de lecture finie et la correspondance potentiellement ambiguë de lectures depuis plusieurs transcripts.

Autres paquets associés à bitseq

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non arm64, armhf, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [arm64, riscv64]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [ppc64el]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [non ppc64el]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-numpy

  bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [non arm64]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [arm64]

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	0.7.5+dfsg2-1	352,8 ko	2 052,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.7.5+dfsg2-1+b1	300,8 ko	2 217,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.7.5+dfsg2-1	290,5 ko	1 435,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.7.5+dfsg2-1	372,7 ko	2 039,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.7.5+dfsg2-1	376,7 ko	2 792,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.7.5+dfsg2-1	338,5 ko	1 448,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.7.5+dfsg2-1	332,3 ko	2 044,0 ko	[liste des fichiers]