Paquet : r-bioc-densvis (1.16.0+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-densvis  ]

Paquet « expérimental »

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density-preserving data visualization via non-linear dimensionality reduction

Implements the density-preserving modification to t-SNE and UMAP described by Narayan et al. (2020) <doi:10.1101/2020.05.12.077776>. The non-linear dimensionality reduction techniques t-SNE and UMAP enable users to summarise complex high-dimensional sequencing data such as single cell RNAseq using lower dimensional representations. These lower dimensional representations enable the visualisation of discrete transcriptional states, as well as continuous trajectory (for example, in early development). However, these methods focus on the local neighbourhood structure of the data. In some cases, this results in misleading visualisations, where the density of cells in the low-dimensional embedding does not represent the transcriptional heterogeneity of data in the original high-dimensional space. den-SNE and densMAP aim to enable more accurate visual interpretation of high-dimensional datasets by producing lower-dimensional embeddings that accurately represent the heterogeneity of the original high-dimensional space, enabling the identification of homogeneous and heterogeneous cell states. This accuracy is accomplished by including in the optimisation process a term which considers the local density of points in the original high-dimensional space. This can help to create visualisations that are more representative of heterogeneity in the original high-dimensional space.

Autres paquets associés à r-bioc-densvis

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, loong64, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non alpha, riscv64, sparc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.19 [alpha]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.20 [non alpha]

  Paquet indisponible

• dep: r-bioc-basilisk [non alpha]

  freezing Python dependencies inside Bioconductor packages

  dep: r-bioc-basilisk (>= 1.16.0) [alpha]

• dep: r-cran-assertthat

  assertions pré et post aisées pour GNU R

• dep: r-cran-irlba

  GNU R fast truncated SVD, PCA and symmetric eigendecomposition

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-reticulate

  R interface to Python modules, classes, and functions

• dep: r-cran-rtsne

  t-SNE de GNU R utilisant l’algorithme de Barnes-Hut

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• sug: r-cran-uwot

  GNU R uniform manifold approximation and projection (UMAP)

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.14.0+dfsg-1~0exp1	79,5 ko	215,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.16.0+dfsg-1	82,6 ko	204,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.16.0+dfsg-1	77,0 ko	216,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	1.16.0+dfsg-1	79,3 ko	200,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.16.0+dfsg-1	77,4 ko	224,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.16.0+dfsg-1	86,8 ko	283,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.16.0+dfsg-1	85,9 ko	280,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.16.0+dfsg-1	80,8 ko	184,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.16.0+dfsg-1	85,6 ko	220,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.16.0+dfsg-1	74,8 ko	1 117,0 ko	[liste des fichiers]