Paquet : libfreecontact0v5 (1.0.21-7 et autres)

[ Paquet source : freecontact  ]

fast protein contact predictor library

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the shared library implementing freecontact.

Étiquettes: Rôle: Bibliothèque partagée

Autres paquets associés à libfreecontact0v5

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.15)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libquadmath0 (>= 4.6)

  bibliothèque mathématique quadruple précision GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	1.0.21-7+b1	61,6 ko	165,0 ko	[liste des fichiers]