Paquet : r-bioc-annotationhub (2.14.3+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-annotationhub  ]

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

Ce paquet fournit un client pour les ressources web d'AnnotationHub pour BioConductor. Les ressources web d'AnnotationHub fournissent un lieu centralisé où des fichiers génomiques (par exemple, VCF, bed, wig) et d'autres ressources d'emplacements standards (UCSC, Ensembl) peuvent être découvertes. Les ressources incluent des métadonnées sur chaque ressource, par exemple, une description textuelle, des étiquettes et les dates de modification. Le client crée et gère un cache local des fichiers récupérés par l’utilisateur, ce qui aide à un accès rapide et reproductible.

Autres paquets associés à r-bioc-annotationhub

• dep: r-api-3.5

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.8

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 3.5.2-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.31.19)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.10)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-interactivedisplaybase

  base package for enabling powerful shiny web displays of Bioconductor objects

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-biocmanager

  Access the Bioconductor Project Package Repository

• dep: r-cran-curl

  GNU R modern and flexible web client for R

• dep: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-rsqlite

  Database Interface R driver for SQLite

• dep: r-cran-yaml

  Methods to convert R data to YAML and back

• rec: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• rec: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

• sug: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• sug: r-bioc-rsamtools

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-variantannotation

  BioConductor annotation of genetic variants

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	339,0 ko	579,0 ko	[liste des fichiers]