Paquet : tiddit (2.12.0+dfsg-3 et autres)

[ Paquet source : tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Autres paquets associés à tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, i386, mipsel]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [non armel, armhf]

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

Télécharger tiddit

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.12.0+dfsg-3+b1	245,1 ko	1 040,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.12.0+dfsg-3+b1	206,7 ko	835,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.12.0+dfsg-3+b1	207,0 ko	810,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.12.0+dfsg-3+b1	213,0 ko	578,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.12.0+dfsg-3+b1	239,5 ko	1 019,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.12.0+dfsg-3+b1	199,4 ko	928,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	2.12.0+dfsg-3+b1	203,4 ko	888,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.12.0+dfsg-3+b1	228,0 ko	1 168,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.12.0+dfsg-3+b1	200,7 ko	951,0 ko	[liste des fichiers]