Paquet : theseus (3.3.0-9)

[ Paquet source : theseus  ]

superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance

Theseus est un programme qui superpose simultanément plusieurs structures macromoléculaires. Theseus trouve la solution optimale du problème de superposition en utilisant la méthode du maximum de vraisemblance. En abaissant le poids de zones variables de la superposition et en rectifiant pour des corrélations parmi les atomes, la méthode de superposition par maximum de vraisemblance produit des alignements de structures très justes.

Lorsque des macromolécules avec des séquences résiduelles différentes sont superposées, d’autres programmes et algorithmes remplacent ces résidus alignés par des trous. Theseus, cependant, utilise un nouvel algorithme de superposition qui inclut toutes les données.

Étiquettes: Biologie: Protéines, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Mis en œuvre en: C, Interface utilisateur: interface::commandline, role::program, But: Analyse, use::comparing, works-with-format::plaintext

Autres paquets associés à theseus

• dep: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• sug: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• sug: dialign

  alignement de plusieurs séquences par segments

• sug: kalign

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• sug: mafft

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• sug: t-coffee

  alignement multiple de séquences

• sug: theseus-examples

  superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance – exemples

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	375,4 ko	975,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	343,0 ko	811,0 ko	[liste des fichiers]
armel	283,3 ko	821,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	265,9 ko	566,0 ko	[liste des fichiers]
i386	283,1 ko	821,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	324,3 ko	834,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	337,4 ko	871,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	405,6 ko	1 003,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	284,3 ko	827,0 ko	[liste des fichiers]