Paquet : snpomatic (1.0-5)

[ Paquet source : snpomatic  ]

logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

Les technologies de séquençage à haut débit génèrent de grandes quantités de courtes lectures. Leur mappage vers une séquence de référence consomme de grandes quantités de temps de processeur et de mémoire et les erreurs de mappage de lectures peuvent conduire à des alignements bruités ou incorrects.

SNP-o-matic est un logiciel de mappage strict de « lectures courtes ». Il gère un grand nombre de types et de formats de sortie pour des utilisations dans le filtrage de lectures, les alignements, les appels de création de génotypes basés sur les séquences, le réassemblage assisté de contigs, etc.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à snpomatic

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [non amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

Télécharger snpomatic

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	81,0 ko	209,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	73,5 ko	189,0 ko	[liste des fichiers]
armel	66,2 ko	172,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	68,4 ko	128,0 ko	[liste des fichiers]
i386	82,4 ko	212,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	75,9 ko	227,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	75,7 ko	216,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	82,4 ko	281,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	72,5 ko	205,0 ko	[liste des fichiers]