Paquet : samtools (1.11-1)

[ Paquet source : samtools  ]

traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

Samtools est un ensemble d'utilitaires qui manipulent les alignements de séquence de nucléotides dans le format binaire BAM. Il est capable d'importer et d'exporter à partir des formats ASCII SAM (Sequence Alignment/Map) et CRAM, de trier, de fusionner, d'indexer et de récupérer des enregistrements dans n'importe quelle région facilement. Il est conçu pour travailler sur un flux de données et est capable d'ouvrir un fichier BAM ou CRAM (mais pas SAM) sur un serveur HTTP ou FTP distant.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Réseau: Client, Protocole réseau: FTP, protocol::http, role::program, Champ d'application: Utilitaire, Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses, But: use::analysing, use::calculating, Filtrage, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à samtools

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.11)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Bibliothèques partagées pour l'utilisation d'un terminal

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  bibliothèque partagée terminfo de bas niveau pour manipuler le terminal

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf, i386, mipsel]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386, mipsel]

• sug: cwltool

  implémentation de la référence du langage Common Workflow

Télécharger samtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	531,8 ko	1 201,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	513,2 ko	1 149,0 ko	[liste des fichiers]
armel	503,0 ko	1 134,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	507,0 ko	978,0 ko	[liste des fichiers]
i386	562,3 ko	1 306,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	518,2 ko	1 281,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	525,7 ko	1 240,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	559,1 ko	1 669,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	512,5 ko	1 229,0 ko	[liste des fichiers]