Paquet : pbhoney (15.8.24+dfsg-7)

[ Paquet source : pbsuite  ]

genomic structural variation discovery

PBHoney is an implementation of two variant-identification approaches designed to exploit the high mappability of long reads (i.e., greater than 10,000 bp). PBHoney considers both intra-read discordance and soft-clipped tails of long reads to identify structural variants.

PBHoney is part of the PBSuite.

Autres paquets associés à pbhoney

• dep: blasr

  correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

• dep: python3-intervaltree-bio

  Interval tree convenience classes for genomic data -- Python 3 library

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-pbbanana (= 15.8.24+dfsg-7)

  additional utilities for the pbsuite

• dep: python3-pbsuite-utils (= 15.8.24+dfsg-7)

  software for Pacific Biosciences sequencing data -- Python utilities

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: pbdagcon

  sequence consensus using directed acyclic graphs

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	1 031,7 ko	3 809,0 ko	[liste des fichiers]