Paquet : murasaki-common (1.68.6-12)

[ Paquet source : murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package contains all files that are common to the single core murasaki package and the multi core murasaki-mpi package.

Autres paquets associés à murasaki-common

• dep: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

  ou gnuplot5

  Paquet indisponible

• dep: imagemagick

  programmes de manipulation d'image — binaires
  un paquet virtuel est également fourni par graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16

• dep: libbio-perl-perl

  modules Perl principaux de BioPerl

• dep: r-cran-rocr

  paquet de GNU R pour préparer et afficher des courbes ROC

• rec: libterm-readkey-perl

  perl module for simple terminal control

• rec: libtext-wrapi18n-perl

  substitut internationalisé pour Text::Wrap

  ou libtext-wrapper-perl

  simple word wrapping routine

Télécharger murasaki-common

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	142,1 ko	433,0 ko	[liste des fichiers]