Paquet : mash (2.2.2+dfsg-2)

[ Paquet source : mash  ]

estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.

Autres paquets associés à mash

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcapnp-0.7.0

  bibliothèque⋅C++ Cap'n Proto

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger mash

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	149,5 ko	443,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	130,6 ko	383,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	132,1 ko	482,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	148,6 ko	487,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	129,0 ko	431,0 ko	[liste des fichiers]