Paquet : kleborate (2.0.1-1)

[ Paquet source : kleborate  ]

tool to screen Klebsiella genome assemblies

Kleborate is a tool to screen Klebsiella genome assemblies for:

 * MLST sequence type
 * species (e.g. K. pneumoniae, K. quasipneumoniae, K. variicola, etc.)
 * ICEKp associated virulence loci: yersiniabactin (ybt),
   colibactin (clb)
 * virulence plasmid associated loci: salmochelin (iro), aerobactin
   (iuc), hypermucoidy (rmpA, rmpA2)
 * antimicrobial resistance genes, including quinolone resistance SNPs
   and colistin resistance truncations
 * K (capsule) and O antigen (LPS) serotype prediction, via wzi alleles
   and Kaptive

Autres paquets associés à kleborate

• dep: kaptive

  obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

• dep: kaptive-data

  reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies

• dep: mash

  estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-distutils

  paquet distutils pour Python⋅3.x

Télécharger kleborate

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	4 970,5 ko	36 700,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4 970,5 ko	36 700,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	5 015,0 ko	37 996,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4 986,6 ko	39 724,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4 973,6 ko	36 700,0 ko	[liste des fichiers]