Paquet : khmer (2.1.2+dfsg-8)

[ Paquet source : khmer  ]

comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

Khmer est une bibliothèque et un ensemble d’outils en ligne de commande pour travailler sur le séquençage d’ADN. Il vise en premier lieu les données de séquençage « short read » telles que produites par la plateforme Illumina. Khmer utilise une approche basée sur k-mer pour l’analyse de séquences, d’où son nom.

Étiquettes: Biologie: Fasta/Pearson, Acides nucléiques, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, implemented-in::python, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::analysing, But: Comparaison, Filtrage

Autres paquets associés à khmer

• dep: cython3 (>= 0.26.1)

  extensions en⋅C pour Python⋅3

• dep: khmer-common

  fichiers communs pour les outils du projet khmer

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-bz2file

  Python3 library for reading and writing bzip2-compressed files

• dep: python3-screed (>= 1.0)

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	6 586,5 ko	29 785,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	6 491,9 ko	29 482,0 ko	[liste des fichiers]