Paquet : kaptive-example (0.7.3-3)

[ Paquet source : kaptive  ]

données d’exemples pour kaptive pour des assemblages du génome de klebsiella

Kaptive rapporte des informations sans les types K et O pour des assemblages du génome de klebsiella.

Étant donné un nouveau génome et une base de données de loci connus (K ou O), Kaptive aidera à décider si l’échantillon possède un locus connu ou nouveau. Il réalise les choses suivantes pour chaque assemblage en entrée :

 – BLAST pour toutes les séquences de locus de nucléotide (en utilisant
   blastn) pour identifier la meilleure correspondance (« meilleure »
   étant définie comme ayant la meilleure couverture) ;
 – extraction de(s) région(s) de l’assemblage qui correspond(ent) aux
   correspondances de BLAST (c’est-à-dire la séquence de locus dans
   l’assemblage)  et enregistrement dans un fichier FASTA ;
 – BLAST pour tous les gènes de locus (en utilisant tblastn) pour
   identifier quels gènes attendus (gènes avec la meilleure correspondance
   de locus) sont présents ou absents et si tout autre gène non attendu
   (gènes d’autres loci) est présent ;
 – production d’un bilan dans un fichier de table.

Si l’assemblage en entrée correspond étroitement avec un locus connu, Kaptive le détectera de manière évidente. Quand l’assemblage a un type nouveau, cela sera aussi manifeste. Cependant, Kaptive ne peut pas extraire ou annoter des séquences de locus de types entièrement nouveaux – s’il indique qu’un nouveau locus est présent, alors l’extraction et l’annotation sont du ressort de l’utilisateur. Des assemblages très mauvais peuvent conduire à de mauvaises interprétations de résultats, aussi tout cas où la séquence de locus de l’assemblage est répartie entre plusieurs morceaux doit être examiné de près.

Ce paquet fournit quelques données d’exemples.

Autres paquets associés à kaptive-example

• enh: kaptive

  obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies

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